Malta har en lang historie, og blev befolket første gang omkring år 5900 f.Kr.First inhabitants arrived 700 years earlier than thought De første bosættere var bønder, og deres landbrugsmetoder udpinte jorden indtil øerne blev ubeboelige. Øerne blev genbefolket omkring år 3850 f.Kr. af en civilisation, der på sit højeste byggede de megalittiske templer på Malta, som i dag er blandt de ældst overlevende bygninger i verden. Deres civilisation kollapserede omkring år 2350 f.Kr., men øerne blev genbefolket kort tid efter af krigere i bronzealderen. thumb|Øen Malta i 1895 Maltas præhistorie slutter omkring år 700 f.Kr., da øerne blev koloniseret af fønikerne. De herskede over øerne indtil de faldt til den Romerske Republik i 218 f.Kr. Østromerske eller byzantinske kræfter overtog øen i det 6. århundrede e.Kr., men blev udstødt af Aġlabiderne efter en belejring i 870 e.Kr. Malta kan have været tyndt befolket i et par århundreder, indtil øerne blev genbefolket af araberne i det 11. århundrede. Øerne blev invaderet af det normanniske Grevskabet Sicilien i 1091, og herefter fulgte en gradvis konvertering af øboerne til den kristne tro. På det her tidspunkt blev øerne en del af Kongeriget Sicilien og blev domineret af flere på hinanden følgende feudale herskere, herunder schwaberne, aragoniere og spaniere.
Øerne blev givet til Johanniterordenen i 1530, som herefter også kendes som Malteserordnen, og herskede over dem som en vasalstat til Sicilien. I 1565 forsøgte det Osmanniske Rige at erobre øerne i den store belejring af Malta, men invasionen blev slået tilbage. Ordenen fortsatte med at herske over øen i over to århundreder, og denne periode er karakteriseret af en opblomstring i kunst og arkitektur og en generel forbedring af samfundet og levevilkår. Malteserordenen blev fravristet magten, da den Første Franske Republik invaderede øerne i 1798, hvilket markerer begyndelsen på den franske besættelse af Malta.
Malteserne gjorde oprør mod det franske styre, efter blot få måneder, og franskmændene blev fordrevet i 1800 med britisk, napolitansk og portugisisk assistance. Malta kom efterfølgende under britisk protektorat og blev en de facto koloni i 1813. Dette blev bekræftet ved Freden i Paris (1814). Øerne blev en vigtig flådestation for briterne, og de fungerede som hovedkvarter for den britiske Middelhavsflåde. På denne baggrund blev øerne angrebet af Aksemagterne under 2. Verdenskrig, og i 1942 modtog øerne Georgskorset, som i dag fremgår på Maltas flag og våbenskjold. Kronkolonien Malta var selvstyrende fra 1921-33, 1947-58 og 1962-64.
Malta blev selvstændigt som et land under Commonwealth of Nations og som staten Malta i 1964, og det blev en republik 1974. Siden 2004 har landet også været medlem af den Europæiske Union.
Geologi og præhistorie Øen Malta står på en højderyg under havets overflade, der udgår fra Nordafrika til Sicilien. På et tidspunkt i den fjerne fortid blev Malta oversvømmet og lå under havoverladen, hvilket kan ses fra havfossiler i sten på Maltas højeste punk. Som højdedraget blev skubbet op og Gibraltarstrædet lukkede på grund af tektonisk aktivitet, blev havniveauet i Middelhavet lavere, og Malta kom op på en bro af tørt land, der strakte sig mellem de to kontinenter, omkranset store søer. Nogle huler på Malta har afsløret knogler fra elefanter, flodheste og andre store landdyr, der nu findes i Afrika, mens andre huler har vist knoglerester fra dyr fundet i Europa. thumb|Det megalittiske tempel Ħaġar Qim
Yngre stenalder og Tempel-periode thumb|En af de såkaldte "fede damer" af oldtidens Malta thumb|Spiralmotiv fra et af de megalittiske templer Mennesker ankom første gang til Malta omkring år 5900 f.Kr., som det kan spores i undersøgelser af oldtidsjord. De første neolitiske folk ankom sandsynligvis fra Sicilien (omkring 100 kilometer mod nord), men DNA-analyser viser, at de stammede fra forskellige steder omkring Middelhavet, både fra Europa og Afrika. De var primært landbrugs- og fiskerisamfund, men nogen levn af jagtaktiviteter. Menneskene i den yngre stenalder levede umiddelbart i grotter og åbne boliger. I løbet af århundrederne der fulgte, er der beviser for yderligere kontakt med andre kulturer, som efterlod en indflydelse på de lokale samfund, hvilket ses i deres pottemageri og farver. Landbrugsmetoderne, som folkene benyttede, udpinte jorden og over århundrede blev øerne for tørre til at understøtte landbrug. Dette skete delvist på grund af klimaforandringer og tørke, og øerne var ubeboede i omkring et årtusinde.
Den anden bølge af bosættere ankom fra Sicilien omkring år 3850 f.Kr. En af de mest bemærkelsesværdige perioder i Maltas historie er tempelperioden, som startede omkring 3600 f.Kr. Ġgantija-templet i Gozo er en af de ældste fritstående bygninger i verden. Kompleksets navn stammer fra det maltesiske ord ġgant, som afspejler størrelsen på templets omfang. Mange af templernes form er fem halvcirkulære rum, der er forbundet i midten. Det er blevet forslået, at rummene måske har repræsenteret hoved, arme og ben af en guddom, da en af de mest almindelige skulpturer fundet i templerne er en tyk kvinde - et kendt symbol på fertilitet. Civilisationen, der byggede templerne, eksisterede i omtrent 1500 år indtil omkring år 2350 f.Kr., hvor kulturen lader til at være forsvundet. Der er spekulationer om, hvad forsvindingen skyldes, og om civilisationen blev helt udraderet eller assimileret, men det menes, at kollapset skyldes klimaforandringer og tørke.
Bronzealder Efter Tempelperioden kom bronzealderen. Fra denne periode er der levn af flere bosættelser og landsbyer, såvel som dysser - alter-lignende strukturer lavet af meget store, flade sten. De menes at tilhøre en befolkning, der bestemt er anderledes fra dem, der byggede de tidligere megalittiske templer. Det antages, at befolkningen ankom fra Sicilien, på grund af ligheden med andre konstruktioner fundet på de største øer i Middelhavet.Piccolo, Salvatore; Darvill, Timothy (2013). Ancient Stones, The Prehistoric Dolmens of Sicily. Abingdon/GB: Brazen Head Publishing. ISBN 9780956510624. En overlevende bautasten, som blev brugt til at bygge templer, står stadig i Kirkop; det er en af de få i god stand. Blandt de mest interessante og mystiske levn fra denne tid er de såkaldte "kærre-riller", som man kan se på et sted på Malta kaldet Misraħ Għar il-Kbir. Det er par af parallelle kanaler, skåret ind i klippeoverfladen, og strækker sig over betydelige distancer, ofte i præcist lige linjer. Deres præcise brug er ukendt. Et forslag er, at disse riller eller kanaler skulle bruges til kærrer, trukket af trækdyr, så kærren og trækdyrene fulgte stien. Samfundet, der byggede disse strukturer, døde sidenhen ud eller forsvandt.
Antikken
Fønikerne og Karthago thumb|En af Cippierne fra Melqart, som blev fundet i Malta Fønikere, sandsynligvis fra Tyrus, Libanon, begyndte at kolonisere øerne omkring begyndelsen af det 8. århundrede f.Kr. som en udpost, hvorfra de udvidede udforskningen og handel i Middelhavet. Fønikiske grave er fundet i Rabat og i en by af samme navn på Gozo, hvilket indikerer at de primære bycentre på daværende tidspunkt var byerne Mdina på Malta og Cittadella på Gozo.Cassar, Carmel (2000). A Concise History of Malta. Msida: Mireva Publications. ISBN 1870579526. Den tidligere bosættelse i Mdina var kendt som Maleth, som betyder "sikker havn", og hele øen blev refereret til under dette navn.
De maltesiske øer fladt under Karthagos hegemoni omkring midten af det 6. århundrede f.Kr., som med de fleste andre fønikiske kolonier i det vestlige Middelhav. Malta var blevet en handelsstation, der forbandt det sydlige Italien og Sicilien med den historiske region Tripolitanien, i det sene 4. århundrede f.Kr. Dette resulterede i introduktionen af hellenske referencer i arkitekturen og pottevarer, hvilket indikerer at Malta blev helleniseret; det vides dog ikke, om Malta blev koloniseret som en et traditionelt græsk "apoikia", så nogle mener, at Malta aldrig var en græsk koloni.Cassar 2000, pp. 53–55 Hellenske arkitektoniske detaljer kan ses i det puniske tempel ved Tas-Silġ og et tårn i Żurrieq. Det græske sprog begyndte også at blive brugt i Malta; dette kan ses i de tosprogede fønikiske og græske inskriptioner fundet på Cippierne fra Malta. I det 18. århundrede dechifrerede den franske lærd Jean-Jacques Barthe det uddøde fønikiske alfabet med brug af inskriptionerne på disse cippi.
I 255 f.Kr. raserede romerne de maltesiske øer under den Første Puniske Krig, hvilket ødelagde meget af øen.
Romersk herredømme left|thumb|Romersk mosaikker i Domvs Romana i oldtidsbyen Melite. Ifølge den latinske historiker Titus Livius overgik de maltesiske øer til romerske hænder i starten af den Anden Puniske Krig i året 218 f.Kr. Som beskrevet af Livius, overgav den puniske kommandør på øen sig uden kamp til Titus Sempronius Longus, en af de to konsuler, der var på vej til Nordafrika. Øgruppen blev en del af den romerske provins Sicilia, men i det 1. århundrede e.Kr. havde øgruppen sit eget senat og folkesamling. På samme tidspunkt slog både Malta og Gozo særprægede mønter baseret på romerske vægtmål.Cassar 2000, p. 56-57
I den romerske periode blev den puniske by Maleth kendt som Melite, og den blev det administrative knudepunkt for de maltesiske øer. Byens størrelse voksede til dens største udbredelse, og optog et område på størrelse med nutidens Mdina og store dele af Rabat. Levn viser, at byen var omkranset af tykke mure og også forsvaret af en defensiv grav, der løb langs den samme line som gaden Triq Santa Rita. Levn indikerer, at et religiøst center med en række templer var bygget på den højeste del af forbjerget. Levn fra en imponerende bolig, kaldet Domvs Romana, er blevet udgravet og afslåret et velbevaret mosaikgulv i Pompejii-stil. Dette domus lader til at have været residens for en rig romersk aristokrat, og det menes at være bygget i det 1. århundrede f.Kr. og forladt i det 2. århundrede e.Kr.Depasquale, Suzannah; Cardona, Neville Juan (2005). Site Catalogue: The Domvs Romana – Rabat Malta. Malta: Heritage Books. p. 3. . thumb|Græsk-romerske levn på Maltask Maritime Museum Øerne blomstrede under den romerske regeringsperiode, og de blev med tiden anerkendt som et Municipium og et Foederata Civitas. Mange romerske antikviteter eksisterer stadig, hvilket understreger den tætte forbindelse mellem de maltesiske beboere og Sicilien."Roman (218 BC-870 AD)". A Lawyer's History of Malta. 2011. Archived from the original on 7 January 2016. Gennem den romerske regeringsperiode blev latin Maltas officielle sprog, og den romerske religion blev introduceret på øerne. På trods af denne udbredelse menes det, at punisk-hellenistisk kultur og sprog overlevede indtil mindst det 1. århundrede e.Kr.
I år 60 e.Kr. skrives der i Apostlenes Gerninger, at Paulus blev skibbruden på en ø kaldet Melite, som mange bibelforskere og maltesere mener stemmer overens med Malta; det er en tradition, at skibbruddet fandt sted på Sankt Paulus-bugtens kyster.
Malta forblev en del af det Romerske Rige indtil det tidlige 6. århundrede e.Kr. Vandalerne og de senere ostrogotere har måske kortvarigt opholdt sig på øen i det 5. århundrede,Rix, Juliet (2013). Malta and Gozo. Bradt Travel Guides. p. 9. ISBN 9781841624525. men der er ingen arkæologiske beviser til at understøtte dette.Blouet, Brian W. (2007). The Story of Malta. Allied Publications. .
Oldtidens ægyptere og grækere har også opholdt sig på øen."In Malta and Gozo". p. 32 and p. 77. thumb|Ruiner af en byzantinsk basilika ved Tas-Silġ, som blev bygget på samme sted som tidligere megalittiske og punisk-romerske templer.
Byzantinsk herredømme