Et præfektur (af latin: praefectura) er en præfekts embede. I en række lande benyttes betegnelsen præfektur om en bestemt type administrativt geografisk område: Grækenland er inddelt i 51 præfekturer (νομοί nomoí). Japan er inddelt i 47 præfekturer. Romerriget var inddelt i fire præfekturer under Tetrarkiet (293-313). Tchad var inddelt i 14 præfekturer fra 1960 til 1999. I Frankrig kaldes hovedstaden eller hovedkvarteret i et departement eller en region for préfecture. Et præfektur i Folkerepublikken Kina er navn på en gruppe administrative enheder på sekundært niveau, hvor provinser er første niveau og forskellige typer amt er tredje niveau.