Innernzell er en kommune i Landkreis Freyung-Grafenau i Regierungsbezirk Niederbayern i den tyske delstat Bayern. Den er en del af Verwaltungsgemeinschaft Schönberg.
Geografi Kommunen ligger i Region Donau-Wald i Bayerischer Wald. Innernzell ligger omkring 14 km vest for Grafenau og 28 km fra Deggendorf. Nabokommuner thumb|left|Kirken St. Nikolaus Schöfweg Kirchdorf im Wald (Landkreis Regen) Eppenschlag Schönberg (Niederbayern) Thurmansbang Inddeling Der er ud over Innernzell følgende landsbyer og bebyggelser: Asberg, Asbergmühle, Bärndorf, Bärnreuth, Gaiging, Gmünd, Hilgenreith, Holzmühle, Lungdorf, Manglham, Oberöd, Ohhof, Ort, Schlag, Schlagmühle, Tumiching, Unteröd og Vocking.