pienoiskuva|Näkymä Sipoonlahdelle joensuun yläpuolelta kuvattuna. pienoiskuva|Paatti laiturissa lähellä suistoa. pienoiskuva|Byabäckenin jokilaakso maaliskuussa 2021. pienoiskuva|Katronträsk huhtikuussa 2021, joka sijaitsee Sipoonkorvessa. pienoiskuva|Ritobäckenin kunnostus maaliskuussa 2009. Sipoonjoen vesistö (vesistöaluetunnus 20) on Suomen päävesistöalue, jonka laskujoki Sipoonjoki laskee Suomenlahteen.

Yleistä Vesistöalueen sijainti Sipoonjoen vesistön valuma-alueen pinta-ala on 220,48 neliökilometriä. Alueen järvisyys on 0,58 %. Valuma-alueen pituus on noin 32 kilometriä ja suurin leveys noin 12 kilometriä. Vesistöalue sijaitsee pääosin Sipoon kunnan alueella. Lounaassa kulkee vedenjakaja lyhyesti Helsingin ja Vantaan kaupunkien alueella, ja lännessä myös hieman Keravan ja Järvenpään kaupunkien alueilla. Pohjoisessa valuma-alue ylettyy Mäntsälään ja Pornaisiin. Kaikki kunnat kuuluvat Uudenmaan maakuntaan.

Valuma-alueen vedenjakajan vieressä sijaitsee kaksi päävesistöaluetta. Sen itäpuolella on Mustijoen vesistö (vesistöaluetunnus 19) ja länsipuolella Vantaanjoen vesistö (21). Nämä vesistöalueet kohtaavat toisensa Sipoonjoen vesistöalueen pohjoispuolella. Sen eteläpuolella Suomenlahden rannikkoalueella on pienistä vesistöistä muodostuvia vesistöalueita. Sipoonjoen suiston itäpuolella sen vedenjakajaan rajautuvat Kullobäckenin valuma-alue (81.041), Nevas ån valuma-alue (81.043) ja Hangelbtbäckenin valuma-alue (81.045) sekä eräs välialue (81V040). Suistoalueen länsipuolella vedenjakajaan rajautuvat Krapuojan valuma-alue (81.048) ja eräs välialue (81V042). Sipoonjoensuun vieressä merenrannassa sijaitsee lisäksi kaksi välialuetta (81V046 ja 81V047).

Pääuoman kulun ja pituuden määritys Sipoonjoen pääuomaan kuuluu myös voimakkaasti perattu latvapuro Parkoja. Pääuoman pituudeksi ilmoitetaan usein noin 40 kilometriä.

Pääuoman pituus voidaan myös selvittää vesistöviranomaisen julkaisemista uomatiedoista, joita voi lukea esimerkiksi Paikkatietoikkunan verkkopalvelusta. Sen mukaan joensuistosta Nikkilän pohjoisosiin on joenuomaa pitkin matkaa 14,5 kilometriä. Siitä ylös Furunäsbäckenille tulee 22,6 kilometriä lisää matkaa. Pääuoman latvaosuus muodostuu Sipoonjoen yläosasta ja Parkojasta. Niiden pituudeksi ilmoitetaan 9,1 kilometriä. Pääuoman yhteispituudeksi saadaan näillä tiedoilla 46,3 kilometriä. Tämän mukaan Sipoonjoen pituutta esitettäessä ei ilmeisesti huomioida Parkojan pituutta, joka on noin kuusi kilometriä.

Vesistöalueen jako Sipoonjoen vesistöalue on pieni eikä vesistöviranomainen ole jakanut sitä useaan eri jakovaiheen avulla pienempiin vesistöalueisiin, jolloin käytössä on vain kolmas jakovaihe. Vesistöalueen kolmannessa jakovaiheessa on seuraavat alueet tai valuma-alueet. Sisennys tarkoittaa sitä, että vesistöalue laskee tai yhtyy yläpuoliseen vesistöalueeseen. Samalle tasolle sisennetyt vesistöalueet laskevat kaikki yläpuoliseen vesistöalueeseen alajuoksulta luetellussa järjestyksessä. Pääuomaan kuuluvat vesistöalueiden nimet on lihavoitu : Sipoonjoen alaosan alue (20.001) Storträsketin valuma-alue (20.009) Byabäckenin valuma-alue (20.004) Ruddammsbäckenin valuma-alue (20.005) Näsebäckenin valuma-alue (20.006) Orabäckenin valuma-alue (20.008) Sipoonjoen keskiosan alue (20.002) Furunäsbäckenin valuma-alue (20.007) Parkojan valuma-alue (20.003)

Vesistöalueen maaperä Valuma-alueen peltoala on 77 neliökilometriä, eli 23 % vesistöalueen pinta-alasta, ja metsäpinta-ala on noin 142 neliökilometriä eli 63 % kokonaisalasta.

Luontoarvoja Sipoonjoen jokivarsi ja sen kahdeksan sivupuroa ovat lailla suojeltuja. Ne muodostoavat Natura 2000-hankkeeseen otetun suojelualueen (FI0100086, 58 hehtaaria, 69 kilometriä). Pääuomasta kuuluu pääuomanvarsi peratusta Parkojasta Sipoonjoen suistolle asti. Sivupuroista mukana ovat pohjoisesta lueteltuna Furunäsbäcken, Bastmosabäcken, Kroopinoja, Orabäcken, Byabäcken ja siitä haarautuvat Hälsängsbäcken ja Ritobäcken, sekä Storträskin puro. Natura-alueeseen kuuluu ainoastaan vesialueita, joten suojelutyö toteutetaan vesilain ja ympäristönsuojelulain mukaisesti. Sipoonjoki on yksi harvoista Suomenlahteen laskevista joista, joissa on luontaisesti lisääntyvä meritaimenkanta. Taimenkannan elinvoimaa pyritään suojelutoimin vahvistamaan. Sipoonjoki on myös maisemallisesti tärkeä, ja sen jokilaakso on luokiteltu maakunnallisesti arvokkaaksi maisema-alueeksi.

Pohjois-Paippisissa sijaitseva Kummelbergenin Natura-alue (FI0100099, 166 hehtaaria). Se muodostuu vaihtelevista biotyypeistä. Metsät ovat pääasiassa kuusivaltaisia, mutta alueella on myös sekametsiä, lehtipuuvaltaisia ja kallioalueilla havupuusekametsiä. Valtaosa metsistä on käenkaali-mustikkatyyppiä tai mustikkatyyppiä ja niissä tavataan useita kymmeniä isoja lehmuksia ja muutama pähkinäpensaskin. Metsien välissä on kallioalueita, jossa on näyttäviä silokallioita ja joiden länsipuolella on reheviä metsiä. Ympäristö tarjoaa elinpiirin esimerkiksi saukolle, mustatattiaiselle ja liito-oravalle. Ja Sipoonjoki, joka virtaa alueen halki, sisältyy mukaan alueeseen.

Vesistöalueen länsiosissa sijaitsee myös Sipoonkorven kansallispuisto, josta alkavat ainakin sivupurot Immersbybäcken ja Byabäcken.

Vesistöalueen rakenne Pääuoman koskia ja patoja Vesihallituksen vuonna 1980 julkaiseman Koskiselvityksen mukaan Sipoonjoen vesistöalueella on kolme suurempaa koskea. Hindsbynkoski sijaitsee sivupuron Byabäckenin alajuoksulla . Sipoonjoen pääuomassa Brobölessä sijaitsevan Norrängs forsin pituus on 100 metriä, sen pudotuskorkeus on 2,5 metriä ja virtaama 1,5 kuutiometriä sekunnissa . Se on Sipoonjoen alin koski. Siitä puoli kilometriä ylävirtaan päin sijaitseva Brobölenkoski (Staffas fors ) on yhtä vuolas, mutta sen pudotus on 2,9 metriä. Joki on padottu vuonna 1853 ja se on toiminut voimanlähteenä sahalaitokselle ja vesimyllylle. Lisäksi siinä toimi lyhyen aikaa myös sähkölaitos . Koski on edelleen padottu, mutta sen rinnalle on rakennettu toimiva kalatie.

Nikkilän taajaman yläpuolella sijaitsee Herralankoski, jonka alkaa koskenniskasta ennen Jokitörmän vanhaa siltaa ja jatkuu lyhyen matkaa sillan alapuolelle. Artnäsinkoski, joka sijaitsee Etelä-Paippisissa, on noin 100 metriä pitkä ja rauhallisesti virtaava koski. Se tekee alapäässään tiukan mutkan. Hommanäsinkoski sijaitsee Sipoon pohjoisosassa Paippisten kylän kohdalla. Koskialue on 300 metriä pitkä ja se on monipuolinen koskiympäristö. Kosken ylittää puolivälissä Hommanäsintien vanha ja kosken niskalla on vanha pohjapato ja siellä vesimyllyn jäänteet. Koski putoaa aluksi nopeasti, mutta sillan jälkeen sen kaltevuus pienenee. Skeppsmalminvirta tai -koski muodostuu kahdesta kivikkoisesta kynnyksestä, joiden pudotus on kymmeniä senttejä. Rengaspolunkoski sijaitsee Paippisissa metsäalueen keskellä. Sen niskalle on rakennettu kivikko, jota pitkin voi ylittää joki kävellen, ratsain tai traktorilla ajaen. Loiva Pikkunahkiaisvirta sijaitsee Paippisten metsäalueella. Rakunäsin koskialue on puoli kilometriä pitkä, jossa koskijaksossa on vaihtelevuutta ja joitakin suvantoja. Kosken yläosalle on kivien joukkoon valettu betonista ylivirtaussilta, joka muodostaa vähän veden aikana kaloille nousuesteen. Välihaankoski on 200 metriä pitkä ja sijaitsee kuusikon suojassa. Koski on luontainen, vaikka sen uomaan on tehty joitakin muutoksia.

Vesistöalueen pääuoman ylin osuus on Parkoja. Sen perattu uoma päättyy 350–400 metriä pitkään Myllykoskeen. Kosken yläosaakin on perattu ja oikaistu, ja samoin on tehty kallioiselle alajuoksulle. Kosken ylittää sen puolivälissä Välihaantien silta. Sillan alla on kalliosyvennys, jossa toimi aikoinaan vesimylly.

Pääuoman sivu-uomia Sarakkeessa ”Etäisyys mereen” olevat luvut esittävät pääreitin kohta kilometreinä mitattuna Sipoonlahdelta.. ”Joen pituus” tarkoittaa sivupuron pääuoman kokonaispituutta. Jos arvon edessä on tähti (*), on kyseessä vain lasku-uoman alajuoksun pituus. ”Virtaamalla” tarkoitetaan sivupuron keskivirtaamaa (MQ) ja ”valuma-alue” on sen pinta-ala. Huomaa, että Parkoja kuuluu pääuomaan, mutta on lisätty viimeiseksi, sillä se on samalla latvauoma. Taulukon lähteet on esitetty taulukon alla, ja ne on solukohdennettu rivin oikeassa sarakkeessa rivikohtaisesti. lasku-uomannimi  pääuomankohta  etäisyysmereen(km) joenpituus(km) virtaama(MQ)(m³/s) valuma-alue(km²) lähteet   Sipoonjoki laskee Sipoonlahteen Suomenlahdella. Skräddarbybäcken Söderkulla 1 ,3,6,–,–,– Pilvijärven puro Söderkulla 2 *2 5,3,6,4,–,– Immersbybäcken Immersby 5 3,3,6,–,–,– Storträskin puro Gesterby 7 *2 12 5,3,4,4,–,2 Byabäcken Hindsby 8 12 27 3,3,4,4,–,2 Ruddammsbäcken Nikkilä 12 8 13 3,3,4,6,–,2 Ollbäcken Nikkilä 15 8 22 3,3,4,4,–,2 Orabäcken Linnanpelto 18 5 7 3,3,4,6,–,2 Råbäcken kohta 19 3,3,6,–,–,– Kumbäcken Käsis-Solbacka 7 7 14 3,3,4,6,–,4 Torrbäcken Käsis-Solbacka 24 3,3,6,–,–,– Björnbäcken Käsis-Solbacka 26 3,3,6,–,–,– Sivinoja Paippinen 29 3,3,6,–,–,– Vilonoja Paippinen 33 8 11 3,3,4,6,–,4 Bastmosabäcken Pohjois-Paippinen 34 3,3,6,–,–,– Furunäsbäcken Pohjois-Paippinen 37 6 12 3,3,4,6,–,2 Oritoja Pohjois-Paippinen 39 3,3,6,–,–,– Parkoja – 40 6 23 5,–,6,4,–,2 Valuma-alueen latvauomista osa kuuluvat Parojalle. Niitä ei ole tässä mukana. Lähteet: 1 = tieto luettu joen omasta artikkelista, 2 = Ekholm, Matti: Suomen vesistöalueet , 3 = Karttapaikka-verkkopalvelu , 4 = Paikkatietoikkuna-verkkopalvelu , 5 =Itä-Uudenmaan ja Porvoonjoen vesien- ja ilmansuojeluyhdistys ry , 6 =mittaamiseen käytetty Paikkatietoikkunaa ja Karttapaikkaa yhdessä.

Pilvijärven puro Sipoonjokeen yhtyy sen alajuoksulla Pilvijärven puro. Puro alkaa Pilvijärvestä ja Möjdträskistä ja sillä on pituutta 1,5 kilometriä. Metrin levyinen uoma on luonnontilainen ja sen metsikössä virtaavat osuudet ovat suojeltuja. Vuonna 2011 puron alimmaista nousuestettä, joka oli sortunut tierumpu, korjattiin kaloille sopivammaksi. Purossa on toiminut vesimylly ja sahalaitos, joista on muistona kaksi nousuesteellistä patoa. Toinen padoista sijaitsee Söderkullan kartanon kohdalla. Pilvijärven luusuassa muokattiin vuonna 2013 pohjapatoa niin, että purossa riittäisi vettä kuivana kautena pitempään. Puroon on noussut keväisin särkiä, haukia ja ahvenia kudulle Söderkullan kartanon padolle asti. Vuonna 2015 luotiin sopiviin kohtiin sorapohjia mahdollista taimenten kutua ajatellen.

Immersbybäcken Sipoonjoen alajuoksulla sijaitsee myös pieni Immersbybäcken, jonka kautta tulevat Hampträskin, Vägaträskin ja Byträskin vedet. Se on voimakkaasti perattu peltomaiden puro, joka on kasvanut lähes umpeen.

Storträskin puro Edellisiä hieman ylempänä Sipoonjokeen yhtyvän Storträskin puron valuma-alueella sijaitsevat Kittsträsket ja Storträsk. Metsäalueelta alkavat latvapurot yhtyvät Gesterbyn peltoalueella toisiinsa. Brutubackantien kohdalta alkaa purossa yli 300 metriä pitkä koskijakso, joka soveltuu taimenen lisääntymisalueeksi. Koskien yläosat on kuitenkin perattu kalliokynnykseen asti. Kynnys on jyrkkä ja muodostaa osittaisen nousuesteen kaloille. Vesimyllyn kohdalta alaspäin alkaa kosken kaunein osuus, jota suojaa auringolta metsikön puusto. Juvaksentien sillan kohdalla on purossa nopean virtauksen osuus, joka päättyy padon jäänteisiin.

Byabäcken