『がんばれゴエモン3 獅子重禄兵衛のからくり卍固め』（がんばれゴエモンスリー ししじゅうろくべえのからくりまんじがため）は、コナミが開発し1994年12月16日に発売したスーパーファミコン用アクションアドベンチャーゲーム。
概要 スーパーファミコン向けシリーズとして第3作目となる。横スクロールアクションを基調としていた前二作から変わって謎解き要素が強くなった他、タイムトラベルの要素が含まれるなどSF要素が全面的に取り入れられている。謎解き要素が強くなったのは、前作での「ボリュームが少ない」という意見を受け、長く遊べるゲームを目指したためである。
2002年から2005年に掛けて、アクションステージ1面や一連のインパクトステージを1つのアプリとした携帯電話ゲーム版が配信された。またバーチャルコンソール対応ソフトとして、2009年にWii、2013年にWii U、2017年にNewニンテンドー3DSにてそれぞれ配信された。2026年7月2日発売のオムニバス作品『がんばれゴエモン大集合!』にも収録されている。
ゲーム内容 システム 本作ではマップ画面はエリア単位の移動ではなく、町やアクションステージの間の移動などに用いられている。また、マップ画面、アクションステージを問わず使用キャラクターを随時切り替えることができ、アクションステージにおいてはその使い分けを要求する仕掛けが多数用意されている。
マップは現代と未来の2つの世界から成り、それぞれのエリアには体力の回復やアイテムの購入をする「町ステージ」、俯瞰視点画面で敵を倒しながら目的地を目指す「道中ステージ」、横スクロール画面でエリアのボスを目指す「拠点ステージ」が配置されており、ボスが巨大からくりメカなどの場合は「激震インパクトステージ」と「巨大からくりメカ戦闘ステージ」の流れで進行する。
キャラクターの台詞は拍子木の音と共に表示される形式になり、以降のシリーズにも継承されていく。また、会話パートではキャラクターのギャグ発言に対して笑い声を発する「笑システム」（いわゆる録音笑い）が導入されたパッケージ裏面の解説より。「さむ〜いギャグにも暖かい笑いで、すかさずフォローします。」と書かれている。。
プレイヤー ライフゲージは全キャラクターで共有となっており、初期数値はハート5個（実質10。ハート1つにつきダメージ2回まで耐えられるが、一部例外あり）、残機数3（表示上は2機）。体力は「銀の招き猫」を4つ入手するか、「金の招き猫」を1つ入手することで最大ハート16個（実質の数値上では32）まで、残機数は「大入り袋」の購入で最大99機まで増加できる。
体力が0になるなどで1機減り、残機が無くなるとゲームオーバー。ゲームオーバー時にコンティニューを選択すると、最後に旅日記を取った（セーブした）地点からのやり直しとなる。なお、本作に限り穴への落下やスクロールアウト時は即死とならず体力が減少した上でその地点の付近から復帰する。
前作では飛び道具（サブウェポン及びサスケのくない投げ）で敵を倒しても小判などが出現しなかったが、本作ではアイテムを落とすように設定し直された。
招き猫 招き猫による武器のレベルアップシステムが廃止され、代わりに各キャラクターに設定されたイベントをクリアして武器をグレードアップするようになった。これにより従来の「招き猫」は体力の上限を増加するアイテム「金の招き猫」の下位アイテムに当たる「銀の招き猫」となった。銀の招き猫は4つで金の招き猫1つに相当し、それぞれ過去と未来のあらゆる場所に点在している。
全ての招き猫を集めることにより、隠しボスとエンディング後のエピローグが解禁される。
術 前作で姿を消した「術」が復活し、サスケを除く3人は各地の道場で修行をクリアすると術を覚える。術は1回使用する毎に巻物を10本消費するが、エビス丸とヤエの術はストーリー進行上、必須であるため、巻物を消費せずに術が使える。
カードキー 未来の拠点から登場。通常のカードキーとゴールドキーの二種類が存在し、カードキーは銀の扉を開けられるが使い捨て。ゴールドキーは金の扉を開けられ、何度でも使える。どちらも入手した拠点ステージでのみ使用可能。このカードキーを探すのが拠点探索の大きな要因である。
わらしべイベント 現代、未来にそれぞれ存在するイベント。ひょんなことで手に入れたアイテムをわらしべ長者の如く交換していく。現代は期間限定で必須ではないが、クリアすると後々有利になる。未来はゲームクリアの為に必ず達成しなければならない。
2人プレイ 本作でも2人同時プレイが可能で、「ひとりであそぶ」プレイ中に2プレイヤー側のスタートボタンを押すと途中参加できる。「ものまね変化の術」修得後にYボタンを押しながらキャラクターを変更すると、通常時とは異なるカラーリングになり、2人同時プレイ時には同じキャラクターを同時に使えるようになる。なお、本作では2人同時プレイの場合でも体力と残機数を共有する仕様となっている。
前作まで登場していた「おんぶシステム」に代わって、苦手なステージを一方のプレイヤーに任せ、自分はひょうたんに入って安全に進行できる「ひょうたんシステム」が採用された（特定の場面ではひょうたん状態が強制的に解除させられる場合もある）。
からくりうぉーかー 物知りじいさんが過去と未来の両方で製作した、一人乗りの搭乗型からくりマシン。当初は耐久性に難があり、木にぶつかったり低い崖から落下するだけで大破していたが、未来の技術で改良が施された新型はその問題をクリアしている。未来の拠点ステージに点在する鳥居型のチューンアップ装置を利用することで新たな機能が追加される。ダッシュボタンの長押しで縦、横いずれかの高速直線移動が可能。初期状態ではエネルギー上限は300だが、「燃料タンク」の入手によって最大500まで増加する。エネルギーは追加機能の使用で減少し、0になると使用不可となり、敵の落とすエネルギーボールかよろず屋で販売されているエネルギー缶の購入での補給が必要となる。搭乗時のダメージはキャラクターのダメージに反映される。
PUNCH（パンチ）：標準機能。パンチを繰り出す。 FIRE（ファイア）：追加機能。火炎放射器を使う。敵やオブジェクトを燃やしたり、鋼鉄の扉を溶かす事が可能。1秒毎にエネルギーを1消費する。 ICE（アイス）：追加機能。液体窒素を噴射する。敵を凍らせて足場にしたり、手応えの無いオブジェクトを破壊可能にできる。1回使う毎にエネルギーを2消費する。
ストーリー 物知りじいさんの新たな発明であるタイムマシンのお披露目に付き合わされたゴエモンたちは、物知りじいさんが未来のギャルを追いかけまわす光景を、モニターを通じていつものように呆れ顔で見守っていた。
ところが、突如、姿を現した謎の怪人物シスター・ビスマルが物知りじいさんごとタイムマシンを強奪して逃げ去ってしまう。サスケの元を尋ねろとのじいさんの言葉に従ってゴエモンとエビス丸は伊賀へ向かい、サスケと共に事態を聞きつけて追って来たヤエと合流しタイムワープ機能を搭載したゴエモンインパクトの2号機「ゴエモンインパクト・ターボ」を起動させる。しかし、未来からタイムワープしてきたビスマルが江戸の町をめちゃくちゃに破壊した挙句、おみっちゃんをさらい、未来へと逃げさってしまう。
ビスマルを追って荒廃した未来の江戸の町「ネオ大江戸」にたどり着いたゴエモン一行は、物知りじいさんとおみっちゃんを救い出すべく、事の首謀者であるネオ大江戸の支配者・獅子重禄兵衛率いるからくり盗賊団に立ち向かう。各地の敵アジトを攻略し、敵本拠地に入るために必要とされる「暗号プレート」を集めていくゴエモン一行。そしてとうとう本拠地に向かうも暗号プレートは罠であり、窮地に陥った一行はインパクトで直接本拠地に乗り込む。しかし重禄兵衛にインパクトを呼び出すほらがいを奪われてしまい、重禄兵衛は歴史の覇者となるべくほらがいで「伝説の巨神」を呼び出す。現れたのは未来のゴエモンインパクト・ターボであった。ぶつかり合う二体のインパクトはタイムマシンの共鳴反応で江戸時代に飛ばされ、最後の戦いを演じた末に重禄兵衛は敗北する。実は重禄兵衛はゴエモンの子孫であり、悪事を働いたのも先祖への憧れからだった。ゴエモンの仲間たちに義賊の心を教えられて改心した重禄兵衛は一行と和解し、おみっちゃんに別れを告げて未来へ帰っていく。これで一件落着かと思いきや、一行は物知りじいさんを未来に置き去りにしていた事をすっかり忘れていたのだった。
招き猫を全て集めた場合 伝説の巨神を倒した一行だったが、そこにパワーアップして復活した「かぶき・ふぉーえばー」が襲撃。真の最終決戦が始まる。敗れたかぶき・ふぉーえばーは獅子重禄兵衛がゴエモンの子孫であると明かし、道連れにしようと自爆する。しかし獅子重禄兵衛は辛うじて無事であり、ゴエモン一行と和解して未来に帰っていく。翌日、未来に置き去りにしたはずの物知りじいさんがゴエモンの家に現れた。実は一行が帰ってきたのは物知りじいさんが未来に旅立つ日の前日だったのだ。
ステージ構成 基本構成 今作は過去作のようなエリア分けや全体マップ移動は存在せず、広大なフィールドやダンジョンを探索しながらストーリーを進めていくアクションアドベンチャーとなっている。謎解き要素が多く、プレイに専念させるべく時間制限が廃止されている。 町ステージ 旧作同様に体力回復、アイテム購入、情報収集を行う見下ろし型マップの町だが、本作においては基本ステージとなっており、この画面で探索を行いながらイベントをこなしたり拠点ステージ（ダンジョン）の入り口を探す。 ストーリーを進めるには何らかのアイテムを入手したり謎を解く必要があり、そのための探索が本作の重要な要素となる。 今作では町を歩く町人（一般市民）に話しかけられるようになっており、様々な情報が得られる。一般の町人には攻撃が当たらなくなり、役人やポリスのみが攻撃されると襲ってくる。 各所には隠しアイテムとなる銀の招き猫や、（ほぼ必須だが）サブイベント的な「わらしべイベント」が存在する。 マップは大きく分けて現代「大江戸」と未来「ネオ大江戸」の二つが存在し、ゲーム序盤は現代、中盤以降は未来が舞台となる。未来に行くと現代には戻れなくなる。未来は全てのエリアが地続きだが、現代は大江戸方面とおまつり村方面が繋がっておらず、大江戸ツーリストで行き来するしかない。 道中ステージ 町と町を繋ぐエリアで、敵と戦いながら進む本作におけるもう一つの基本ステージ。前作までと違って町ステージと直結しており、ゲームシステム上も分けられておらず、町ステージと道中ステージを合わせて全体マップとなっている。 エリアによってはダンジョンのような扱いになっていたり、ボスとの対決が発生する場合もある。 拠点ステージ 敵要塞などの横スクロールアクションステージ。今作では従来のように真っ直ぐゴールを目指すのではなく、複雑なダンジョンを鍵を探したりギミックを動かすなどしながら攻略していく探索型アクション（俗に言うメトロイドヴァニア）方式となっている。 「これぞうくん」を入手すると、ダンジョンの大まかな全体マップが参照可能になる。「やじるしくん」を入手すると全体マップにボスの居場所が表示される。 多くのマップで構成される大規模な拠点が6つ。2〜3程度のマップしかない小規模な拠点が3つ登場する。基本的に最奥部にはボスが待ち受けるが、ボスがいない拠点もいくつかある。また、これらとは別に最終盤にはボス戦のみの拠点ステージがある。 大規模な拠点には銀の招き猫が4つ、もしくは金の招き猫が1つ必ず存在し、くまなく探せばライフが1つ増えるようになっている。 未来の拠点はクリア後も再訪可能だが、現代の拠点はクリアすると入れなくなり救済措置も存在しないため、取り逃がした招き猫は回収不可。 パニックステージ 特定のダンジョンクリア後に挿入される特殊ステージ。 からくりうぉーかーに搭乗した一行を追いかける巨大からくりメカの攻撃をジャンプやダッシュで回避しつつ、画面下部のカウンターに表示された距離を逃げ切る。ダメージを受けると通常通りダメージを受けライフがゼロになった時点で残機を失ってステージ冒頭から再開となり、残機0でゲームオーバー。直前のダンジョンクリア時に旅日記をつけていればパニックステージから再開となるが、つけていなかった場合は最後に旅日記をつけた地点からの再開となる。回復アイテムをアイテムを持っていればライフゼロになっても通常通りミスを回避できる。
ゴエモンインパクト戦ステージ 「ゴエモンインパクト・ターボ」を操作して敵の巨大からくりメカと戦う特殊ステージ。基本は前作を踏襲しており、エネルギーや小判弾を稼ぐ前哨戦ステージと、敵メカとの戦闘を行う戦闘ステージの二つに分かれる。巨大メカ戦ステージに敗北した際および、激震インパクトステージ開始前にセーブした場合は、必ず激震インパクトステージからの再戦となる（激震インパクトステージが存在しない場合は除く）。
激震インパクトステージ 目的地まで歩くゴエモンインパクトを操縦し、迫り来る敵を撃ち落としたりパンチで叩き落としたりしながら進む強制横スクロールアクションステージ。ここで倒した敵の数の結果によって油や小判に振り分けられる数値が決まり、その後に巨大からくりメカとの3D戦闘ステージに入る。 本作では「インパクトのターボスイッチが故障した」という設定のため、前作のような高速移動は行えず、低速でゆっくり移動しながら進んでいく。 激震インパクトステージがあるのは1度目、2度目、4度目のインパクト登場時のみであり、3度目、5度目ではボス戦到達時点で直接巨大メカ戦ステージに移行する。 巨大メカ戦ステージ 激震インパクトステージ終了後に開始される、主観視点での巨大ボス戦アクションステージ。基本は前作を踏襲しつつ、コマンド入力式の必殺技が導入された。また、激震インパクト共に、時間経過でのエネルギー消費は廃止されており、じっくりと戦いに専念できるようになっている。
町・ステージ 現代 普段と同じ江戸時代。本作でははぐれ町方面とお祭り村方面に分かれ、両者の行き来には大江戸ツーリストを利用する。 はぐれ町 シリーズ御馴染みの大江戸の町。旧作とは構造が大きく変わっているが、ほろほろ寺や職業紹介所など所々に面影は見られる。但し、職業紹介所は「近頃は不景気」という理由でアルバイトは紹介してもらえない。南西には山賊が蔓延るはぐれ山が存在する。 ほろほろ寺 はぐれ町の朽ち果てた寺。浮き輪が無ければ通過できない。奥には前作で壊れたインパクトの頭部を再利用した転送装置があり、『1』同様に女幽霊に化けたクロベエが見張っている。 からくり忍者屋敷 アクションステージ。伊賀にある物知りじいさんの屋敷で、『1』のステージ5の舞台だった場所。屋敷全体が防犯モードになっているせいで、本来なら歓迎されるはずのゴエモン達にからくり忍者が襲いかかる。 他の拠点のような複雑さはなく、従来のステージに近いほとんど一本道の構造となっている。最初のマップのみ『1』を模しているが、以降は大きく構造が異なる。ボスはサスケの乗った蛙型のメカ。撃破するとサスケが仲間になる。クリア後は転送装置が壊れるため、立ち入りできなくなる。 パニックステージ1 お祭り村への道のり。からくりうぉーかーで羽釜メカ（ビスマル・エレガント）の襲撃から逃げる。 お祭り村 『2』に続いて登場する、一年中祭りを行なっている村。前作と違って出店は無く、住人にも言及されている。鼻緒が切れて困っている村人がいる。西は山賊の出る「血祭りの森」で、花火職人の家とじいさんの別荘がある。 じいさんの別荘 アクションステージ。血祭りの森の奥にある物知りじいさんの別荘。門が錆び付いているため、花火爆弾で爆破しなければ入れず、内部も花火爆弾を要するギミックが多い。 忍者屋敷とは一転して複雑な構造であり、各所のスイッチを押してエレベーターやコンベアを動かすなどの仕掛けが登場する。最奥部に手形があり、入手するとヤエと合流する。クリア後は最初のマップの壁が塞がるため、それ以上先には行けなくなる。ボスはいない。 にんにん村 『きえた黄金キセル』に登場した忍者達の隠れ里。はぐれ山の先にあり、ヤエがいなければ入れない。人魚変化の術の道場がある他、ここの畑の所有権を手に入れるか否かが終盤に影響する。 ほら貝の洞窟 アクションステージ。にんにん村北の忍びの池にある祠の下に広がる洞窟。水没しているため人魚変化の術を使わなければ入れず、内部でも同術を活用しなければ進めない。 道の分岐は少なく比較的一本道に近い構造だが、水を抜く仕掛けのタイミングを見誤ると招き猫を取り逃がす場合もある。最深部にてほら貝を入手すると洞窟が崩れ出し、自力で入り口まで戻らなければならない（時間制限は無い）。脱出後は入り口も塞がるため、再進入は不可。ボスはいない。 はぐれ町（壊滅） 未来から襲撃してきたビスマル達に無残に破壊されたはぐれ町。住民ははぐれ山に避難している。「からくり用心棒」との戦闘を経て、激震インパクトステージに移行する。 富士街道 激震インパクトステージ。おみつを攫ったビスマルを追って新型インパクトに搭乗する。富士の樹海を敵を倒しながら進み、ボスの「ビスマル・エレガント」と対決する。倒すと未来へタイムワープし、現代には戻れなくなる。 大江戸城付近 未来から戻ってきた先であり、最終決戦の舞台。インパクトに乗り、「伝説の巨神」との最後の戦いを繰り広げる。条件を満たしていた場合、更に「かぶき・ふぉーえばー」との真の最終決戦に続く。 未来 江戸時代より遥か未来の世界「ネオ大江戸」。文明は進歩しているが、戦争による荒廃とからくり盗賊団の悪行により荒んだ雰囲気も漂う。また、近未来的な様相の一方で民家には畳と囲炉裏が残っていたりなど、サイバーパンクと和風情緒を混ぜたような独特の文化を形成している。 はぐれタウン 未来世界「ネオ大江戸」にある未来のはぐれ町。街並みもすっかり変わっており、江戸時代の面影は残っていない。高架橋に高速道路もあったようだが寸断されており、自動車が転落している。西には牢獄が、南にはウォーカー工場がある。 牢獄 からくり盗賊団の牢獄。ヤエとサスケが囚われ、ゴエモンとエビス丸が救出に向かう。ここでほら貝を奪われてしまう。ボスは「からくり達磨 ころんだ」。 パニックステージ2 牢獄から脱出し、サスケが用意してきたからくりうぉーかーで逃走する道のり。DX抽選王の襲撃から逃げる。 ウォーカー工場 アクションステージ。未来の技術で新型うぉーかーを生産している工場。排気ガスが周囲の大気を汚染しており、動力炉を破壊してガスを止めなければ先に進めない。途中からBGMが陰鬱なものに変わり、雰囲気を一変させる。この拠点からカードキーが登場する。最奥部で新型うぉーかーを入手し、更に隠し通路の先で暗号プレートの1枚目を見つける。ボスはいない。 かがみタウン うぉーかーでコンテナを破壊して進んだ先、マップの東に位置する町。名前通り、教会には巨大な鏡がある。更に東のタワーヒルズにはからくりタワーが聳え立つ。ダムが水を堰き止めているため川は干上がり、水不足に悩まされている。極悪ダムを破壊すると川に水が戻る。 からくりタワー アクションステージ。タワーヒルズに建つ高層建造物で盗賊団のアジトの一つ。非常に広大で複雑な構造であり、クリアのためには下から上、上から下へと駆け回らなければならない。入って間も無くBGMが陰鬱なものに変わり、頂上でゴールドキーを入手するまで続く。道中、うぉーかーに火炎放射が追加される。エビス丸の本場のフラフープを活用するギミックが多い。ボスは「からくり拳」。ここでほら貝を取り戻す。2枚目の暗号プレートがある。 極悪ダム 激震インパクトステージ。ゴーストタウンを経由し、施設を破壊しながら進む。ボスはダム要塞の本体で、敵の砲撃を掻い潜りながらコアを破壊する。 ゴーストタウン 無人のビルが立ち並ぶ区域。近日取り壊し予定で、ビルに悪人が住みつかないようにポリス達がパトロールしている。しかし取り壊されるまでもなく、インパクトによって極悪ダム共々破壊され、瓦礫と化す。破壊後は敵が出現するようになる。以降、ゴエモンインパクトはここで待機する。 でいぷタウン 極悪ダムによって水底に沈んでいた町。しかし住民は健在であり、水が引いた後は何事も無かったように活気が戻る。 獅子砦 アクションステージ。でいぷタウンの奥から行けるダムの一部で、小規模なアジト。入って間も無くボスと戦える。3枚目の暗号プレートがある。ボスは「からくり壁面獅子」。 干支の森 ゆきんこタウンに続く森。通常では道は塞がっており、あるアイテムが無ければ通過できない。カッパのキハチが住む「恩知らずの池」がある。 ゆきんこタウン 一年中雪に覆われた町で、山の麓にある。しかしある町人曰く、昔は雪など降っていなかったという。雪山への入り口の一つが大岩で塞がっている。 ゆきんこ砦 アクションステージ。雪山の途中にある小規模なステージ。通過するのみでボスはいない。ヤエバズーカを活用する唯一のステージ。 からくり温泉 アクションステージ。雪山で発見された温泉をアジトに改造したもので、温泉にまつわるギミックが満載。BGMは最後まで変化しない。道中、うぉーかーに液体窒素が追加される。ゴエモンのチェーンキセルを活用する数少ないステージ。4枚目の暗号プレートがある。大規模な拠点はここが最後となる。ボスは「極悪宝船 ごうれむ」。 からくりパーク からくり盗賊団の本拠地のある機械都市。最初のマップにこそ民家や商店があるが、以降は長い道のりを敵と戦いながら進む。江戸時代ではにんにん村があった辺りであり、畑は現在も残されている。ゴエモンが畑の所有権を所持しているか否かで展開が若干変わる。 般若砦 アクションステージ。からくりパークの途中にある小規模なアジト。雑魚敵も一切いない。5枚目の暗号プレートがある。ボスは「あつがりぃ&さむがりぃ」。クリアすると、即座に「DX抽選王」とのインパクト戦に移行する。 からくり広場 からくりパークを獅子砦よりも更に奥に進んだエリア。道中ステージだが以降は拠点ステージが存在せず、ここが本作における実質的な最終ダンジョンとなる。最奥部には暗号プレートをはめ込む台座がある。暗号プレートが足りなかった場合は探しに戻る羽目になる。 敵本拠地（都市部） 激震インパクトステージ。暗号プレートの罠から脱し、インパクトで敵都市を破壊しながら直接殴り込む。ボスは「イカス・オレさま号」で、獅子重禄兵衛との直接対決が待つ。 敵本拠地（ビル） 獅子重禄兵衛の居城である巨大なビル。洗脳された物知りじいさんとの戦闘があるのみで、アクションステージは無い。 漫画版では「重禄兵衛タワー」と呼ばれている。
店、施設 前作・前々作の町ステージにあった「ミニゲーム」「アルバイト」の類や銭湯は廃止されており、基本の施設のみとなっている。 よろず屋 アイテムショップ。買いたい商品の前に移動して決定する形式になっており、購入前にアイテムの説明もされるようになった。 めし屋 料理を食べてライフを回復する。今作では序盤のはぐれ町に一軒あるのみで、他の村や未来には存在しない。 宿屋 宿泊してライフしたり旅日記を付ける。現代では泊まれる部屋は一部屋のみで必ず全回復する。未来では前作まで同様に「松」「竹」「梅」の三種類から選べ、宿泊費に応じてライフが回復する。 大江戸ツーリスト 旅行代理店。前作同様に一度行った町に転送してもらえるが、現代ではおまつり村到達後に解禁され、はぐれ町とおまつり村の行き来のみに利用する。未来では一度入った店舗に転送可能であり、ウォーカーの召喚も有料で行ってくれる。現代、未来のどちらもコナミ作品のゲストキャラが受付を務めている（後述）。 占い屋 前作までと異なり、次に行うべき行動のヒントを教えてくれる。占い自体は無料だが、結果を知るには金を取られるためどの道有料である。現代では占い屋で直接占い、未来では各地にいる「のすとらくん」に占ってもらう（占い屋もあるが、のすとらくんを紹介されるだけで占ってもらえない）。 花火師 おまつり村近くの血祭りの森にある花火師の家。ストーリー進行のために花火を打ち上げるミニゲームを行う。ゲームを進めるだけなら4本から8本の花火を打ち上げれば良いが、イベントクリア後も最大19本まで挑戦可能。それをクリアしても100両と鮭おにぎりが貰えるだけであり、本編には一切影響しない。完全クリア後は再挑戦不可。 道場 各地にある術を教えてくれる道場。該当するキャラクターで訪れると修行に挑戦し、クリアすれば術を習得する。修行で与えられる課題はキャラ毎に異なる。失敗しても再挑戦可能。 ことわざ図書館 はぐれタウンにあることわざの本ばかりを置いた図書館。様々なことわざが閲覧可能で、中にはヒントになっていたりストーリーに関連したものもある。未来世界の地図もここにある。
キャラクター 主要キャラクター ゴエモン、エビス丸、サスケに加え、外伝作『きえた黄金キセル』からのゲストキャラクターであった「くのいち・ヤエ」がプレイヤーに追加された。前作に比べてキャラクターの性能差がハッキリと表れるようになり、状況に応じてキャラクターを切り替え個々の能力を活かして進んでいく。
ゴエモン 主人公。はぐれ町に住む天下の義賊。からくり盗賊団に囚われた物知りじいさんとおみっちゃんを助けるために立ち上がる。 今作ではチェーンキセルの活用場所が終盤のみであるため、謎解き面での活躍シーンが少なく戦闘寄りの性能となっているコミックス第1巻巻末の攻略記事より。同ページには「オイラの出番は少ないぜ」と書かれている。。
武器：キセル→チェーンキセル。 チェーンキセル入手後は、卍マークが記された特定のブロックに引っ掛けてのワイヤー移動と遠距離への攻撃が可能になる。 サブウェポン：小判 溜め撃ちで敵やバリアを貫通する「貫通小判」となる。 術：一触即発の術 ダメージ2倍増のハンデと引き換えに、攻撃力が一定時間2倍になる術。 エビス丸 正義の忍者を名乗るゴエモンの相棒。 序盤では個性を活かせるシーンが無いものの、武器や術が揃う中盤からは一気に活躍の場が増える。 武器：フラフープ→本場のフラフープ フラフープは攻撃方向が横方向のみであり、武器レベルがアップするまでは上方向への攻撃ができない。 本場のフラフープ入手後は、ボタンの連打で広範囲攻撃ができるが、目を回して一時行動不能状態になってしまう。 また、Y+Bでフープを上に掲げその状態でジャンプすることによりステージ中に存在するピンに引っ掛けての移動が可能になる。 上に掲げたフープはそのまま上方向への攻撃に利用できる。 サブウェポン：手裏剣 溜め撃ちで壁に反射する「反射手裏剣」となる。 術：ちびエビスンの術 体そのものを縮小し、狭い場所を抜けられるようになる術。変身中は攻撃できない上に防御力が半減する。 サスケ 物知りじいさんが生み出したからくり忍者の傑作。伊賀屋敷で物知りじいさんの留守を守っていたが、事情を聞いてゴエモンとエビス丸に手を貸す。 Yボタンを押さなくても常にダッシュ状態であり、ジャンプ中に上方向への攻撃ができない特徴がある。 花火爆弾は序盤から終盤まで満遍なく必要であり、終盤は波動くないによるギミックも登場するため、謎解き面では特に出番が多い。 メインウェポン：くない、波動くない 波動くない入手後は、斬撃で生じた衝撃波を飛ばしたり特定の障害物の切断が可能になる。 サブウェポン：花火爆弾 武器としての利用の他に、特定の障害物を破壊できる。溜め撃ち攻撃は今作では削除されている。 術：くない激炎破 くない型の波動を8方向に飛ばして攻撃する、前作での「八方くない投げ」に相当する術。この術のみ、修行せずに習得可能。 ヤエ 江戸の平和を影から守る「秘密特捜忍者」のくの一。物知りじいさんの窮地を知り、ゴエモンたちに手を貸すべく合流する。 サスケ同様にYボタンを押さなくても常にダッシュ状態である。 人魚変化の術が使えるため、水中ステージの攻略に欠かせない存在。 武器：くノ一の刀。唯一、パワーアップしない。