アイヌの歴史（アイヌのれきし）では、アイヌ民族の歴史を解説する。歴史区分についてはアイヌ史の時代区分、和人側の歴史上のアイヌ観については蝦夷も参照のこと。
かつて、アイヌは13世紀ごろに北海道に移入してきた民族とする説があったが、現在では集団交替説を唱える研究者はおらず、アイヌの歴史は縄文時代からアイヌ文化期まで、周辺文化を選択的に受容しつつ緩やかにかつ連続的に移行していったとするのが定説である。こうした考古学的見地は、ヒトゲノムによる研究とも親和的である。縄文時代以降の本州の多くは大陸系集団と混血し和人となったが、北海道周辺では大陸系の影響がほとんどなく、10世紀に道北・道東ではオホーツク人と15世紀以降に道南では和人と僅かに混血したのみで、そのルーツは縄文人に近いと考えられている（→アイヌ#遺伝的起源）。
その一方で、アイヌ文化はいつまで遡れるのかという歴史上の問いがある。アイヌ文化には古くから狩猟採集というイメージがあるが、考古学的な研究により交易を中心とした文化と捉え直されるようになった。北海道は古代から周辺地域との交易・交流を通して広域的な文化が接触する領域であった。アイヌはその交易を担っていく中で、周辺地域の文化を選択的に吸収・翻案して独自の文化を形成してきた。アイヌの歴史は、そうした地政的な環境に加えて北海道周辺の自然に根差して生成された独自の文化・民族の変容の過程と言い換えることができる。それゆえアイヌの歴史の解明には考古学的な研究に加えて、北東アジア世界との相互依存的・広域的な歴史との関連付けと、北海道周辺の自然環境も考慮する必要がある。
旧石器時代 2023年現在、北海道内で発見されている最古の旧石器は約3万年から2万5千年前とされている。これらは本州と共通する石器類で、大陸とのつながりは確認できない。2万年ごろからナイフ形石器が現れるが、道東では本州にみられない独自の広郷型ナイフ形石器が出土するのに対し、道央から道南では本州と同系統のナイフ形石器が出土している。
いっぽうで大陸産の石や琥珀を使った装身具や、鉱物性の顔料には大陸の影響もうかがえる。
縄文時代
道内の縄文文化は石狩低湿地帯および黒松内低湿地帯を境として道東・道央・道南に大別されるが、道南は縄文時代を通じて本州北部と一体の文化圏を形成していた。遺跡としては、苫小牧市静川遺跡（縄文時代中期末から後期初頭）や千歳市丸子山遺跡（縄文中期後半）などの祭祀遺跡、千歳市キウス周堤墓などの共同墓地、函館市垣ノ島遺跡などの集落跡が挙げられる。
2023年現在、最も古い土器は帯広市から出土した約1万4千年前のものである。文様は東日本の縄文創成期と同系統で、共伴する石器類の種別も本州と変わりない。また道内の縄文早期の特徴として石刃鏃文化が挙げられる。石刃鏃とは白滝産黒曜石を原料とし漁撈用の鏃とされ、道東北部を中心に石狩平野からサハリン・アムール川流域まで分布している。石刃鏃と共伴する土器はアムール櫛目文に類似する文様をもち、樺太経由で南下した人々がいたと考えられる。
縄文後期から晩期にかけて葬送儀礼に大きな変化が起こり、環状列石や集団墓地が現れる。キウス周堤墓では土量3400立方メートルにも及ぶ大規模な土木工事が行われており、首長層の存在と土木工事に専従する人員を養う高い生産力を有する社会があったと推定されている。ただし、縄文中期ごろの墓制は首長単独の墓ではなく共同墓地であることが特徴であり、副葬品にも差異はみられず階層化は緩やかであった。
縄文晩期に至ると周堤墓は造られなくなり、多数の副葬品が出土する首長墓が現れる。それらの副葬品には実用に向かない形だけを整えた製品が含まれていることが特徴で、それらは集落の住民から首長墓へのお供え物だと考えられている。
また道内から出土する糸魚川のヒスイ、八戸市是川中井遺跡の漆から検出された道産の硫化水銀、道内で出土するイノシシの骨などから、本州との交易および祭祀等の信仰・思想の共有があったと考えられている。
続縄文時代
続縄文時代（紀元前5世紀から紀元後7世紀前半）とは、おおよそ本州以南の弥生時代（続縄文前期）と古墳時代（続縄文後期）に並行する時代区分である。弥生時代に本州では稲作が広まるが、道内の続縄文人はこれを受容せず、本州と毛皮などを交易する商業的狩猟民となった。続縄文文化については稲作文化に比べて劣ったイメージで語られることが多かったが、藤井強らによってアイヌ文化へと続く北の文化の基礎として高く評価されるようになっている。続縄文後期には道内の続縄文人が東北地方へ南下し、代わって道北から道東にかけてオホーツク人が南下してきた（→#オホーツク文化期）。
続縄文前期 続縄文時代の前期の終わりは後北C1式土器が指標とされ、おおよそ2世紀ごろまでと考えられている。本州で弥生文化が広まっていく中で、道内の続縄文人が稲作を行わなかったのは寒冷な気候によるものとするのが定説だが、青森県（津軽地方）でも弥生時代の水田が確認されていることからあえて水田耕作を行わなかったとする説もある。
続縄文前期でも本州との交易は継続していた。道内の遺跡からは、鉄器・碧玉製管玉・ガラス玉などのほか、奄美諸島などの貝製品など本州でも首長層にしか手に入れられない貴重品が出土している。これらの交易品の対価として、道内から本州に流通した商品は定かではないが、せたな町南川遺跡の工房跡からはメノウ製の石錐が大量に出土していることや、のちの時代にも本州で道産の毛皮が珍重されていることから、毛皮製品を本州に送っていた可能性が指摘されている。瀬川拓郎は、稲作を受容しなかった続縄文人は、縄文文化を継承しつつ狩猟により得られた毛皮などを交易に特化した独自の文化を展開していったと推測している。また、白老町アヨロ遺跡や江別市元江別1遺跡などの首長墓からは前述した弥生文化の貴重品が集中的に出土する。こうした傾向から、首長が弥生人との交易を行う中で、集落内の階層化が深まっていったと考えられている。
この時期、道南では骨角製の銛頭・魚形石器製の疑似餌・マグロなどの回遊魚やオヒョウ・タラなどの底生魚を対象とする独特な漁撈文化、あるいはオットセイなどを対象とした海獣猟を活発に行うようになる（恵山文化）。一方で道北の礼文島浜中2遺跡ではクジラの骨製のアワビ漁の道具や銛、食用にされた弥生犬の骨が出土している。また、せたな町貝取澗2遺跡や余市町フゴッペ洞窟からは卜骨が発見されている。これらの道具類あるいは文化は、同時期の西日本の日本海側から北部九州にみられるものと共通する点が多く、西本豊弘や山浦清らは続縄文人と弥生人の交易を担ったのは九州北部の海民と推測している。また河川漁撈も盛んで、江別太遺跡ではテㇱ（アイヌ文化でサケの遡上をとめて捕獲するための簗）と同じ遺構が確認されている。
土器は道南で弥生土器の影響を受けた恵山式土器、道央では恵山式土器の影響を受けた江太式土器が見られる一方で、道北や道東では弥生土器の影響を受けない興津式・下田ノ沢式などが分布する。土器の分布と共通するのが装身具で、道南や道央では貝製白玉や本州産碧玉が好まれるが、道北や道東ではサハリン産の琥珀玉が多い。
続縄文前期の出土品で注目されるのが、芦別市滝里安井遺跡・北見市常呂川河口遺跡など各地で出土するクマの頭部彫刻である。これは近世アイヌがイオマンテで用いた着装品（アイヌ語:サパウンペ、もしくはサパンペ）のクマ彫刻との類似性が指摘されている。
続縄文後期
続縄文時代の後期は後北C2・D式土器を指標とし、本州の古墳時代と同時期の3世紀ごろに始まるとされる。続縄文文化は、物質面で縄文文化と共通性が高いものの、移動性の高い住居や鉄器の外部依存に本州などに見られない特徴がある。特に本州からもたらされた鉄器によって骨角器が加工されるようになり、皮なめし用の掻器を除けば石器が利用されなくなる。
この頃から続縄文社会に対外交易を意識した特定の生産活動の集約化が見られるようになり、近世アイヌ文化期まで継続する交易文化が形成されつつあったと考えられる。続縄文時代後期でも集団間に序列はなく、水平的なネットワークを形成していたと考えられている。
東北北部では弥生時代後期以降に人口の減少が確認できるが、これと入れ替わるように4世紀には続縄文人が東北北部へ南下していった。その範囲は仙台平野から新潟平野を結ぶラインまで及び、その前線地帯には続縄文人と古墳人が混住する中間地帯があったと考えられている。両者の関係は融和的で、同時期には道内で鉄器の流通が一気に拡大し、一方の古墳社会では道産の毛皮が流通していった。なお東北地方に見られるアイヌ語地名は、この続縄文人の勢力範囲と一致する範囲に濃く分布していることが指摘されている。
5世紀後半になると古墳社会は北上し、東北北部に奥州市中半入遺跡・八戸市田向冷水遺跡などの集落や七戸町森ヶ沢遺跡の続縄文人の墓が現れるが、これらの遺跡からは古墳文化と続縄文文化の両方の遺物が出土しており、続縄文人と古墳人が雑居する交易拠点であったと考えられる。6世紀に古墳社会がさらに北上し、東北地方で続縄文文化はほとんど見つからなくなる。東北地方から両文明の中間地帯は消失したが、両文化の交易は続縄文人が東北北部太平洋沿岸へ季節的に訪れる形で継続された。7世紀ごろの余市町余内山遺跡や恵庭市西島松5遺跡などから、刀子・鉄斧・鉄鎌・鉄鏃・刀剣類などが大量に出土している。
7世紀ごろヤマト王権では権威を示すために下賜する品として、北方交易でもたらされるヒグマの毛皮が珍重されていた。北方交易の直接統制を目論んだヤマト王権は、斉明天皇4年（658年）から阿倍比羅夫を派遣し、北方交易を取り仕切っていた東北地方日本海側の蝦夷を討伐し服属させる。さらに北上した阿倍は、斉明天皇6年（660年）に渡島の蝦夷を饗応した。この渡島の蝦夷を続縄文人とする説がある。阿倍は渡島の蝦夷の求めに応じて、弊賂弁嶋（へろべのしま・奥尻島とする説がある）の粛慎（オホーツク人）を討伐した。阿倍の討伐により続縄文人とオホーツク人の間に調停が結ばれ、持統10年（696年）には共同朝貢が行われている。
オホーツク文化期
続縄文時代後期から擦文時代に並行して道北から道東に形成されたオホーツク文化も、アイヌ文化につながる源流のひとつと考えられている。オホーツク文化は海獣狩猟と海洋漁撈を生業とした文化である。起源については大陸のウリチ・サハリン在来のニヴフや樺太アイヌ・複数の周辺文化の複合などの諸説があるが、サハリンで形成された文化が北海道本島に南下してきたことは確実視されている。その特徴としては平面形状が五角形・六角形になる独特な竪穴建物にヒグマの骨などを祀る骨塚を設けることが挙げられ、ヒグマ信仰などに近世アイヌの精神文化との関連が指摘されている。また、担い手であるオホーツク人については『日本書紀』に現れる粛慎、『続日本紀』に現れる靺鞨（中国東北部の靺鞨とは別。読みは粛慎と同じアシハセ）、および7世紀の中国の史料に現れる流鬼と同一視する説が有力視されている。
同時期の北東アジアには、ロシア沿海地方から中国東北地方に靺鞨文化が分布し、オホーツク海北岸やカムチャッカ半島にはトカレフ文化・テヴィ文化・古コリャーク文化などの諸文化が存在した。オホーツク人はこれらの文化との交易を行い大陸産の鉄製品・青銅製品・玉製品などを入手する一方で、本州の和人からは蕨手刀などが流入していた。続縄文人の遺跡からもオホーツク人がもたらしたと考えられる大陸産装身具がわずかに確認されるが、続縄文人とオホーツク人の間に積極的な交流はみられない。両者は空白地帯を挟んで本島を二分し、やがて本州との交易をめぐって対立関係に至ったと考えられる。
オホーツク文化の起源は3世紀から4世紀にサハリン南部と道北に分布する鈴谷式土器に求められ、クロテンやラッコの毛皮を得るために本島に南下し、5世紀から6世紀に現れた刺突文をもつ十和田式土器をもって成立したとされている。7世紀に造られた土器に現れる刻文はサハリン北部から道東・千島列島まで分布するが、これらには北東アジアの靺鞨文化の影響が顕著にみられる。また日本海沿岸の島嶼（天売島・焼尻島・奥尻島など）にも拠点を設けたが、この場所をめぐってオホーツク人と続縄文人の間に対立が起こり、ヤマト王権の介入があったと考えられる（→#続縄文後期）。
8世紀から9世紀になると、沈線文や貼付文など、地域ごとに独自性を見えるようになる。9世紀には擦文文化の影響を受けて元地文化・トビニタイ文化が成立し、次第に擦文文化と同化していった（→#大陸交易とオホーツク人の同化）。またサハリンでは12世紀ごろまで存続するが、彼らはニヴフのルーツと考えられる。
擦文時代
擦文時代（7世紀後半から13世紀）は、本州の飛鳥時代後期から平安時代に並行する時代区分である。擦文時代は本州と交易を行いつつ文化を選択的に受容した時代で、その文化圏は道南・道央から始まり青森県北部から道東・道北まで広がっていった。生業は狩猟・漁撈・採集を基礎としつつ雑穀栽培が行われ、石器がほぼ使われなくなり鉄器文化に移行した。また土師器の影響を受けた擦文土器の生産やカマドを設けた竪穴建物、北海道式古墳などには本州の文化の影響が指摘されている。それらは交易・交流によってもたらされたほか、ヤマト王権の遠征により東北地方から追われた蝦夷の移入もあったと考えられているが、移入の程度や規模については意見が分かれている。農耕文化の影響は、信仰面にも及んだと考えられる。アイヌ語の祭祀関係の言葉には、古代日本語からの借用語が多く見られ、古代日本の信仰の影響を受けた可能性が指摘されている。また、近世アイヌでみられた原始的な地機織りや外反をもつマキリも、この頃に伝わった形式を継承したものと考えられる。
擦文人社会は、渡島半島を勢力範囲として出羽柵を拠点としたヤマト王権と交易する日本海沿岸グループと、道央を勢力範囲として東北地方太平洋沿岸地域と交易する太平洋沿岸グループの2つの勢力があったと考えられている。また道央では北海道式古墳など東北地方の影響が強くみられ、蝦夷の移入が推定されている。蝦夷の移入は、太平洋側の苫小牧市付近から始まり、石狩低地帯を北上し札幌市付近まで北上した。狩猟採集を行う続縄文人と、雑穀栽培を行う蝦夷の生業は競合せず、融和的であった。ヒトゲノムの研究においても、アイヌと和人との混血が進んだ時期が7世紀ごろと推定されており、蝦夷の移入をきっかけに続縄文人との混血が進んだと考えられている。
擦文文化の特徴のひとつとして、墓地や墓がほとんど確認されないことが挙げられる。理由は定かではないが、飛鳥時代の殯やケガレの影響をうけた住宅葬（住んでいた住宅にそのまま遺体を安置して住宅ごと遺棄する）や平安時代に庶民で行われていた遺棄葬（鳥葬）の影響などが推定されている。9世紀ごろになると、移入した蝦夷の遺跡が見られなくなるが、これは擦文人との同化が進んだためと考えられる。この頃から擦文土器には再び文様が施されるようになる。
アイヌ・エコシステムとアイヌ文化の成立 擦文時代では、さらに集落の特定の地域への集中化が進んだ。9世紀後葉ごろから集落が集中する石狩川中流はサケの産卵場で、この頃からサケが主要な交易品であったと推測されている。また、奥尻島青苗貝塚遺跡でも大量のアワビの貝殻とアシカの骨が出土している。本州側の交易拠点であった払田柵では「狄藻（えびすめ）」と記された木簡が出土しており、渡島半島で採れるマコンブも擦文時代までに交易品となっていた。いっぽうで北海道にみられる食料生産には向かない河口付近の湿地帯の集落は擦文人の商品集積地で、輸送を舟で行っていたと考えられる。このような交易を主とする狩猟採集社会は擦文時代までに確立されたと考えられる。以上のような、交易に立脚した生態系適応社会をアイヌ・エコシステムと呼ぶ。
アイヌ文化の成立については、従来の定説では土器や竪穴建物の終焉と捉えて12世紀から13世紀としてきた。しかしアイヌ文化を「対外交易を前提とする生業・社会・文化の複合」とする定義から、アイヌ・エコシステムが成立した10世紀にアイヌ文化が始まったとの理解が広まりつつある。
擦文人の交易について『類聚三代格』には、延暦21年（802年）条に私的に擦文人と交易することを禁じる太政官符があったことが記されており、公的な交易に加えて、貴族たちが良質な毛皮を競って買い求めていたと考えられている。また『養老律令』では陸奥国司などの職務として「饗給、征討、斥候」と定めている。このうち饗給は擦文人などを服属させるための饗応を意味するが、その実態は交易に近かったと考えられている。札幌市サクシュコトニ川遺跡からは9世紀ごろの「夷」の異体字をヘラ書きした土師器や米粒が見つかっているが、これらは東北諸国での饗給で得た交易品を持ち帰ったものだと考えられている。
和人との交易は、擦文社会に身分階層をもたらした。これらは北海道式古墳や『日本三代実録』の「渡嶋夷首百三人」による秋田城への朝貢した記録に見て取ることができる。またこの時代の副葬品には朝廷から下賜された刀剣類や、それに取りつける官位を表示する帯金具などがあり、こうした下賜品が擦文社会の階層分化を促進したと考えられる。また首長層には地域間分業と一定の序列が生まれた可能性が指摘されている。
9世紀後葉に至ると道央以西を拠点としていた擦文人は、オホーツク人が占めていた道北・道東へと勢力範囲を拡大していく。これらの地域に進出したのは、道南を拠点とする日本海側グループと考えられている。擦文人の進出は、まず9世紀後葉に日本海側を通して稚内に至り、10世紀末にはサハリン南部西岸域から道北オホーツク海沿岸域に進出、さらに11世紀末までに道東から千島列島南部まで及んだ。一方の道央を拠点とする太平洋側グループも12世紀までに道東の太平洋側に勢力を広げた。擦文人がオホーツク人を排除しつつ勢力範囲を広げたのは、本州への交易品であるオオワシの尾羽を用いた矢羽根を得るためだったと考えられている。また交易相手であった本州では元慶の乱（878年）をきっかけに東北地方での律令制が衰退し、北方交易の主体は荘園制中世社会の東北勢力に再編されていった。
擦文時代の遺跡から出土する本土由来の遺品としては、甕を主体とした須恵器・米・佐波理（銅椀）がある。特に代表的な威信財として、7・8世紀では石狩低湿地帯で副葬された鉄製の刀、10・11世紀には太平洋沿岸で副葬された佐波理が挙げられており、北方交易の主要ルートが道内・本州ともに移り変わったと考えられる。
アイヌの酒「トノト」作りに関する言葉には古代日本語からの借用語がみられるが、甕や米の存在と合わせると酒造り技術の伝来が擦文時代まで遡る可能性がある。また、厚真町上幌内モイ遺跡の祭祀遺跡から焼けた銅椀やキビの団子が出土しているが、これは同時期の青森市朝日山遺跡との共通性が指摘されており、近世アイヌの祭祀（イナウ・イクパスイなど）の起源について和系祭祀の影響も推測されている。
大陸交易とオホーツク人の同化
大陸の靺鞨系社会と交易を行うオホーツク社会は8世紀まで道北・道東の沿岸部にあり、道央・道南で本州と交易を行う擦文社会と北海道本島を2分していた。しかし8世紀後半以降に靺鞨諸族が渤海国に吸収されると道内では大陸産の出土品が著しく減少する。これをきっかけにオホーツク人は大陸交易に代わって擦文人や和人との交易に活路を見出していったと考えられる。それに伴い9世紀末から擦文人の勢力範囲が、オホーツク人のオオワシの狩猟地を奪う形で拡大し、オホーツク人社会は縮小していく。サハリン南部のベロカーメンナヤ遺跡など10世紀ごろに現れるオホーツク人の防塞集落や、11世紀以降に大陸の技術で造られた白主土城などは、両社会の間に対立があったことを示すと考えられているが、一部では擦文社会の影響を受けつつ道北では元地文化、道東ではトビニタイ文化が成立した。一方で道東の擦文文化では、石囲いの住居や樹皮葺きの住宅、大陸沿岸タイプのオオムギの栽培などにオホーツク文化の受容がみられる。またヒトゲノムの研究で確認されるオホーツク人との混血は、この時期に起こったと考えられる。元地文化は10世紀末、トビニタイ文化は13世紀前後に消滅するが、これらの文明の担い手は擦文人と完全に同化していったと考えられる。
10世紀ごろになると北東アジアでは渤海国が衰退し、道内と女真族勢力などとの交易が再開された。これに伴い擦文時代末の根室市穂香遺跡や伊達市有珠オヤコツ遺跡などから大陸産ガラス玉の出土が増加する。これらは本州産の青銅製品と組み合わされていることが特徴で、近世アイヌに見られるタマサイの起源と考えられる。このような本州産と大陸産の品を組み合わせる装飾品は、アイヌによる中継交易の始まりを示すと考えられる。この他に小樽市蘭島D遺跡から大陸産玉髄、ウサクマイA遺跡などからロシア産の環状錫製品なども出土している。このような道内と大陸の関係は『類聚国史』延暦14年（795年）条にも記されており、本州側でも日本列島の北辺が大陸と連続しているという地理認識が支配層に定着していった。
中世アイヌ文化期
アイヌ文化という用語には「近世まで続いたアイヌの生活文化」と「鎌倉時代から江戸時代に並行する考古学的時代区分」の2つの意味があるが、本稿では後者についてアイヌ文化期と表記して記述する。
アイヌ文化期に移行すると、アイヌは本州と北東アジアを結ぶ中継交易を行いつつ周辺文化を吸収して独自の文化を確立していった。その特徴は擦文文化から連続しつつ土器が消滅し、代わって鉄鍋・漆塗椀などを使うことである。また早い時期には日本と大陸両方の陶磁器類が使われていたことも明らかになっている。衣服は伝統的なアットゥシに加えて本州産の小袖などが流通するようになり、住宅は竪穴建物から平地建物になり、調理は囲炉裏で行われカマドは無くなる。中村和之は、アイヌ文化期のなかでも環日本海交易の担い手として強い独立性をもっていた時期をアイヌ史における中世としている。
中世では、アイヌの居住域がさらに拡大し、13世紀までにサハリン、15世紀までに千島列島まで広がる。樺太アイヌや千島アイヌの成立もこの頃だと考えられる。3つのアイヌグループは互いに交易を行いつつ、北海道アイヌは安東氏・南部氏などの東北勢力と、樺太アイヌは元や明といった中国王朝やニヴフなどの北東アジア先住民と、千島アイヌはカムチャツカ半島の先住民イテリメンと交易を行い、それぞれが文化の独自性を強めていく。また、15世紀ごろからは下北半島・津軽半島に居住した本州アイヌもいた。
中国王朝と朝貢
歴代の中国王朝の支配がサハリンまで及んだ時期については記録に残されていないが、遅くとも金代にはヌルガンに支配拠点があった。だが、アイヌ（骨嵬・骨兀）が中国王朝と接触したのはもう少し遅く、元代が最初だと考えられている。
アイヌがサハリンまで勢力を拡大させるとオホーツク系先住民ニヴフ（吉里迷）との間で争いとなった。アイヌはニヴフの打鷹人（だようじん。鷹狩りに従事する職人）を捕虜として使役していたが、ニヴフから朝貢を受けていた元はこれを問題視し、北東アジアでの支配を強化するために1264年から3年間におよぶアイヌ征討を行う。一時期は元がアイヌをサハリンから追い出すことに成功するが、アイヌも大陸に渡って略奪を行うなど激しく抵抗を行った。長年続いた争いは、1308年にアイヌが元に朝貢を行う条件で元に降伏して終結した。その後の史料は残されていないがサハリンでアイヌ関連の遺跡が発見されており、アイヌは朝貢貿易によりサハリンへの渡航を安堵されるとともに、安定して大陸産品を入手できるようになったと考えられている。これにより元の支配するアムール川流域からサハリンと北海道本島を経て東北の安東氏へとつながる環日本海交易が成立し、アイヌはその担い手として主要な地位に就いたと考えられている。
続いて中国の歴史にアイヌが現れるのは15世紀初めの明代である。永楽10年（1412年）に明はアイヌなど先住民族を饗応してサハリンにおける支配強化を図った。しかし、なかなか効果が挙がらなかったようで、宣徳7年（1432年）に派兵を行い、弱体化していたヌルガンを再興した。この時再建された永寧寺の『重建永寧寺記』には「サハリンのアイヌが独自の言語を持ち明に朝貢していた」と記されており、ここから明とサハリンのアイヌの間で活発な交易が行われるようになったと考えられている。交易品はサハリンから明へはテン皮などの特産品で、明からサハリンへは絹製品が回賜された。この大陸産の絹製品は本島のアイヌを通じて安東氏ら本州にももたらされており、のちの山丹交易へと続いていく。しかし正統14年（1449年）の土木の変をきっかけに、北東アジアにおける明の影響力は急激に失われ、朝貢貿易は衰退していった。その後アイヌと明朝の交易は女直を経由する形で命脈を保ったが、ヌルハチによる女真勢力の統合によって解体したと考えられる。中村和之は、明の衰退によりアイヌの中継交易者としての地位が揺らぎ、和人への従属度を深めていったと推測している。
中世東北地方の動乱とアイヌ
本州側の史料では、12世紀ごろから流刑地として夷島が現れるようになる。これを担った蝦夷代官安東氏は、十三湊を拠点としてアイヌと盛んに交易を行っていた。『日蓮遺文』には、文永5年（1268年）に蝦夷蜂起があり蝦夷代官の安藤五郎が討取られたと記される。蝦夷蜂起についての詳細は不明だが、榎森進は元と樺太アイヌの戦いがアイヌと安東氏の交易に影響を与えて蜂起に発展したと推測している。
14世紀初頭に安藤氏の乱が起こる。この乱については安東一族の内乱とするのが通説だが、大石直正によって実質的には安東氏による蝦夷地支配に対するアイヌの反乱であったとする新説が提唱されている。この乱も含め、14世紀に東北地方で起こった抗争から逃れた和人が北海道本島に逃れ、アイヌと雑居するようになった。その範囲は渡島半島に集中するが、道央や道東からも和人が居住した痕跡が確認されている。『諏訪大明神絵詞』には日ノ本（太平洋側）・唐子（日本海側からサハリン）・渡党（渡島半島（青苗文化））の3つの蝦夷が記されている。
応永元年（1394年）にも北海動乱と称される蝦夷の反乱があった。乱は安東氏が鎮圧したとされるが具体的なことは不明である。安東氏によるアイヌとの交易は15世紀まで繁栄を極め、ラッコ皮・昆布・鷹羽などを入手していた。また、この頃には渡島半島南端に安東氏の家来筋が交易拠点を営むようになった。この拠点は『新羅之記録』の記述に由来する道南十二館で知られるが、『新羅之記録』の具体的な記述については疑問が持たれている。
安東氏はその後台頭してきた南部氏による圧迫によって衰退していった。下国安東氏を滅ぼした南部氏は、安東氏のアイヌへの影響力を利用するために安東師季（政季）を傀儡とするが、師季は享徳3年（1454年）に渡島半島南端に逃亡して南部氏と対立していく。
アイヌと和人の戦い
師季が渡島半島に逃れた後に、史料で確認できる最初のアイヌと和人の戦いであるコシャマインの戦いが起こる。蜂起は康正2年（1456年）夏と長禄元年（1457年）の2回あり、このうち永禄の蜂起を率いたのがコシャマインである。『新羅之記録』には脚色が多いが「アイヌによる戦いは渡島半島の東部から海岸線に西へと移動し大半の和人の館を落とすが、武田信広がコシャマインを討取って終結した」という部分は概ね史実と考えられている。なお蜂起が起きた理由について入間田宣夫は、安東氏による交易独占に反発したアイヌが南部氏と連携して蜂起したとしている。
この頃、足利義政の使者と共に夷千島王遐叉の使者「宮内卿」を名乗る人物が李氏朝鮮を訪れて国王に謁見した記録が『李朝実録』に残されている。夷千島王は「夷千島の西は朝鮮辺境の野老浦と接しており、野老浦が朝鮮に反逆すれば征伐できる」と主張し見返りとして大蔵経を求めたが、朝鮮側は宮内卿による夷千島の説明に疑いを持ち応じなかった。この夷千島王が誰なのかについては諸説入り乱れているが、少なくともこの頃までに日本側には、朝鮮と蝦夷地が日本海を隔てて接するという地理的認識があったことを示すと考えられている。