園城寺（おんじょうじ）は、滋賀県大津市園城寺町にある天台寺門宗の総本山の寺院。山号は長等山（ながらさん）。本尊は弥勒菩薩。開基（創立者）は大友与多王。日本三不動の一つである黄不動で著名であり、観音堂は西国三十三所観音霊場の第14番札所で札所本尊は如意輪観世音菩薩。また、近江八景の一つである「三井の晩鐘」でも知られる。なお一般には三井寺（みいでら）として知られる。平安時代などの日本古典文学で、何も注釈を付けず「寺」と書かれていれば、この園城寺を指す（当時の古典文学では延暦寺もしばしば取り上げられているが、こちらは「山」（比叡山）と呼ばれている）。
2015年（平成27年）4月24日、「琵琶湖とその水辺景観－ 祈りと暮らしの水遺産」の構成文化財として日本遺産に認定される。
札所本尊真言（如意輪観音）：おん ばらだ はんどめい うん
ご詠歌：いでいるや波間の月を三井寺の 鐘のひびきにあくる湖
歴史 当寺は7世紀に大友氏の氏寺として草創され、9世紀に唐から帰国した留学僧円珍（天台寺門宗宗祖）によって再興された。園城寺は平安時代以降、皇室、貴族、武家などの幅広い信仰を集めて栄えたが、10世紀頃から比叡山延暦寺との対立抗争（山門寺門の争い）が激化し、比叡山の宗徒によって園城寺が焼き討ちされることが史上度々あった。近世には豊臣秀吉によって寺領を没収されて廃寺同然となったこともあるが、こうした歴史上の苦難を乗り越えてその都度再興されてきたことから園城寺は「不死鳥の寺」と称されている。
円珍の登場 当寺の起源については次のように伝承されている。大津京を造営した天智天皇は自らの念持仏である弥勒菩薩像を本尊とする寺を建立しようとしていたが、生前にはその志を果たせなかった。そして、その子である大友皇子（弘文天皇）もまた天武天皇元年（672年）に壬申の乱のため25歳の若さで没した。その後、大友皇子の子である大友与多王は、父の菩提のために天智天皇所持の弥勒菩薩像を本尊とする当寺をようやく建立することができたという。それとは別に、当寺は天武天皇元年（672年）頃に大友村主家によって創建されたともされる歴史年表.三井寺、2026年1月29日閲覧。。
壬申の乱では大友皇子と敵対した天武天皇ではあるが、朱鳥元年（686年）にはこの寺の建立を正式に許可し、「園城寺」の寺号を与えたという。「園城」という寺号は、大友与多王が自らの「荘園城邑」（「田畑屋敷」）を投げ打って一寺を建立しようとする志に感じて名付けたものという。なお、「三井寺」の通称は、この寺に涌く霊泉が天智・天武・持統の3代の天皇の産湯として使われたことから「御井」（みい）の寺といわれていたものが転じ、三井寺となったという三井寺について.三井寺、2026年1月29日閲覧。。現在の園城寺には創建時に遡る遺物はほとんど残っていない。しかし、金堂付近からは、奈良時代前期や飛鳥時代に遡る古瓦や、崇福寺、穴太廃寺、南滋賀町廃寺と同じ形式の瓦が出土しており、大友氏と寺との関係も史料から裏付けられることから、以上の草創伝承は単なる伝説ではなく、ある程度の史実を反映したものと見ることができる。
当寺では、他宗で「管長」「別当」などと呼ばれる一山を代表する僧のことを「長吏」（ちょうり）と呼んでいる。貞観元年（859年）に初めて園城寺長吏に就任し、その後の園城寺の発展の基礎を築いたのが智証大師円珍である。円珍は、弘仁5年（814年）3月に讃岐国那珂郡（現・香川県善通寺市）に生まれた。俗名は和気広雄。母方の姓は佐伯氏で、円珍の母は弘法大師空海の妹（もしくは姪）にあたる。幼時から学才を発揮し神童と呼ばれた広雄は、15歳で比叡山延暦寺に登り天長6年（829年）に初代天台座主義真に入門している。19歳の時に国家公認の正規の僧となり、円珍と改名した。その後、比叡山の規定に従って十二年籠山行（12年間、比叡山から下りずにひたすら修行する）を終えた後、大峯山や熊野三山を巡って厳しい修行をする。このことから後に園城寺は修験道とも深い繋がりを持つようになる。仁寿3年（853年）には唐へ留学して6年間、各地で修行。青龍寺の法全（はっせん）から密教の奥義を伝授された。天安2年（858年）に円珍は多くの経巻、図像、法具を携えて日本へ帰国した。
貞観元年（859年）に大友氏の氏寺であった当寺に入ると、清和天皇より仁寿殿を賜わって「唐坊」（とうぼう）、後に改めて「唐院」（とういん）とし、これを現在の護法善神堂がある場所に設置して寺を再興し、新羅社（新羅善神堂）を創建している。寺を整備して修行の道場とすると共に、唐から請来した経典や法具を唐院に収蔵し、貞観8年（866年）5月には当寺は延暦寺の別院とされた。同年、太政官から円珍に伝法の公験（くげん、証明書）が与えられている。顕教、密教に加えて修験道を兼学する円珍の伝法は、これによって政府の公認を得たわけであり、天台寺門宗ではこの時をもって開宗と見なしている。貞観10年（868年）6月に円珍は天台宗最高の地位である天台座主に就任、天皇は当寺を円珍個人に賜った。以後、没するまでの24年間、円珍は天台座主の地位にあった。
円珍によって天台別院として中興された当寺は、以降は東大寺・興福寺・延暦寺とともに「本朝四箇大寺（ほんちょうしかたいじ）」の一つに数えられるようになった。
延暦寺との抗争
寛平3年（891年）10月に円珍は比叡山山王院で亡くなった。その後、延長5年（929年）12月には円珍に智証大師の諡号が朝廷から送られている。
天元4年（981年）頃から比叡山は円珍の門流と慈覚大師円仁の門流との2派に分裂してしまい、両者は事あるごとに対立するようになった。円珍の没後1世紀あまりを経た正暦4年（993年）7月、円珍派が西坂本にある円仁派の赤山禅院を襲って堂舎を壊す事件が起こると、8月にはその報復として円仁派の僧たちが比叡山内にあった円珍派の中心となる僧堂であり、かつて円珍が住し、亡くなった千手院（山王院）などの堂舎を打ち壊す騒動が発生し、両派の対立は決定的となった。円珍派の僧約千人が追放処分を受けると円珍派は千手院に安置されていた円珍像を持って比叡山を下ると別院であった当寺に移り、円珍像を当寺の唐院に安置して延暦寺から独立した。比叡山延暦寺を「山門」と別称するのに対し当寺は「寺門」と称されることから、両者の対立抗争は「山門寺門の抗争」などと呼ばれている。長暦2年（1038年）5月には当寺は朝廷に大乗戒壇の建立許可を願い出た。朝廷は当寺に戒壇を設立してもよいかの可否を諸宗に問うたところ延暦寺のみが反対し、長久2年（1041年）5月に結局不許可とされた。当寺は以後も幾度となく大乗戒壇建立許可の申請を行うが、その都度延暦寺が朝廷に圧力をかけて失敗している。また、どちらが本地・末寺なのか、正当性があるのかでも争っている。延暦寺は「園城寺は延暦寺から独立した」といい、当寺は「園城寺の歴史は延暦寺よりも古い」「円珍は大乗戒壇で大乗戒を受けたが、円仁は東大寺で小乗戒しか受けていない」などと返している。
永保元年（1081年）4月、日吉社で祭りを行った際に山門派と寺門派の僧が揉めると、事態はエスカレートして6月に当寺は延暦寺から焼き討ちを受けた。9月には当寺は延暦寺に攻め込んだが返り討ちにあってしまい、押し返されてそのまま当寺に攻め込まれ、6月の焼き討ちで焼け残っていた建物も全て焼かれてしまった（比叡山による焼き討ちでの全焼・1回目）。永保4年（1084年）4月に金堂は再建されたが、これ以降も、延暦寺による当寺の焼き討ちは続発した。中世末期までに全焼7回を含む大規模なものだけで10回、小規模なものまで含めると50回にも上るという。
当寺は平安時代には朝廷や貴族の尊崇を集め、中でも藤原道長、白河上皇らは深く帰依したことが知られている。これら有力者からの寄進等による荘園多数を支配下に置き、末寺も多くあり、信濃国善光寺（深田之荘）もまた末寺として記録に著れる。伽藍も金堂や別所・水観寺を中心とする中院、新羅社（新羅善神堂）や別所・常在寺を中心とする北院、三尾社（三尾神社）と、現在の長等公園一帯にあった三別所の微妙寺・尾蔵寺・近松寺を中心とする南院、さらに別院である如意寺が整備されていき、この三院五別所の体制でもって運営されていった。
中世以降は源氏など武家の信仰も集めた。特に源氏は源頼義が園城寺に戦勝祈願をし、その三男の源義光が新羅善神堂の前で元服するなどし、歴代の尊崇も篤かった。
保安2年（1121年）閏5月に当寺の僧が延暦寺の修行僧を殺害したことを発端として、当寺は延暦寺に焼き討ちされるが（比叡山による焼き討ちでの全焼・2回目）、長承3年（1134年）8月に金堂は再建されている。保延6年（1140年）閏5月と7月に延暦寺に焼き討ちされるが（比叡山による焼き討ちでの全焼・3回目）、永治2年（1142年）3月には寺門派の衆徒によって延暦寺の一角が焼かれている。久安4年（1148年）11月には当寺の金堂の上棟供養が行われている。長寛元年（1163年）6月に延暦寺に焼き討ちされる（比叡山による焼き討ちでの全焼・4回目）が、支援者が多くいたことからその都度復興している。治承4年（1180年）4月に源頼政が以仁王と共に平家打倒の兵を挙げた時（以仁王の挙兵）にはこれに協力し、源頼光の子孫である山本義経が挙兵（近江攻防）した際もこれに協力した。そのために同年12月、平重衡と平忠度によって焼き討ちを受けて637棟の建物が炎上している。
平家を京都から追い出した源頼朝は、元暦元年（1184年）12月には当寺に近江国横山荘および若狭国玉置荘を寄進するなどして保護を加え、復興が始まった。その最中、建保2年（1214年）4月には日吉祭りでの神撰供進を発端として騒動が起こり、当寺は延暦寺に焼き討ちされて129の堂舎が焼失している（比叡山による焼き討ちでの全焼・5回目）。建保3年（1215年）には頼朝の意思を継いだ北条政子、源実朝は早速大内惟義・佐々木広綱・宇都宮蓮生ら在京の御家人に命じて直ちに再建させ、翌建保4年（1216年）に再興している。しかし、当寺で僧侶として育てられていた源頼家の子公暁が叔父である源実朝を暗殺するという事件を起こしたために、鎌倉幕府より一時的に冷遇を受けた。
正嘉元年（1257年）3月27日に当寺は大乗戒壇の建立許可を求めて強訴を行っている。正元元年（1259年）9月14日には当寺の出身であり、鎌倉の鶴岡八幡宮寺別当で前執権北条時頼の護持僧を務める隆弁（後に園城寺長吏）に上洛してもらい、朝廷との大乗戒壇の建立許可の交渉を委ねている。そして、この交渉は北条時頼と幕府の後ろ盾もあって成功し、翌正元2年（1260年）1月4日、ついに当寺に大乗戒壇の建立が許された。しかしそれもつかの間、延暦寺の猛烈な抗議によって1月20日には大乗戒壇の建立許可は取り消されてしまった。
そこで、文永元年（1264年）5月に当寺は朝廷の許可を得ないまま大乗戒壇を建立しようとした。そのため延暦寺は激怒し、当寺は延暦寺に攻め込まれて焼き討ちされた（比叡山による焼き討ちでの全焼・6回目）。この時に、現在「弁慶の引摺鐘」といわれている梵鐘が盗まれてしまうが、幕府の命令によって文永4年（1267年）4月に戻されている。北条時頼の信頼が厚かった隆弁が別当に就任すると冷えていた幕府との仲も戻っている。弘安8年（1285年）の時点で中院は74院、北院は124院、南院は140院にものぼる子院が存在していた。 だが、文保3年（1319年）にはまたも朝廷の許可が下りないまま大乗戒壇を建立しようとしたために、延暦寺から焼き討ちを受けている（比叡山による焼き討ちでの全焼・7回目）。そして、これ以降当寺は大乗戒壇の建立を諦めてしまった。延暦寺による当寺の焼き討ち・全焼の際、7回中6回もの元号に「保」の字が入っている。しかも当寺にとってはいずれも厄年であったという。そのため、ある老僧は「保の字のつく時三井寺焼失す」と嘆いたという。
南北朝の内乱では北朝方で源氏の足利氏を支持する。建武3年（1336年）1月には当寺の僧兵は北朝方に付き、細川定禅と共に当寺に立て籠もって南朝方の北畠顕家・結城宗広を迎え撃ったが敗北し、南朝方に味方した延暦寺に焼き討ちされて金堂が炎上している。その際、僧が燃え盛る金堂から弥勒仏を救出しようとするが叶わず、せめて頭部だけでも助けようとして頭部を切り落として運んだといわれる。貞和3年（1347年）1月には足利尊氏により金堂や新羅善神堂（国宝）などが再建されている。
こうして北朝を支持したことから当寺は室町幕府の保護を受けた。両幕府のこの厚遇は、強力な権門である延暦寺の勢力を牽制するために当寺に対して一定の支援をすることが必要であると考えられていたからだといわれている。
文明13年（1481年）8月に正法寺（現・観音堂、西国三十三所第14番札所）が現在地に移されている。
没落と復興 戦国時代に入ると、勢力を強めていく織田信長と延暦寺の対立は頂点に達し、ついに元亀2年（1571年）に当寺に本陣を置いた信長によって比叡山焼き討ちが行われた。一方、当寺は信長と良好な関係を構築し維持し続けていた。しかし、子院・光浄院の住持である暹慶（山岡景友）は、信長に敵対した将軍足利義昭に与し、元亀4年（1573年）2月に石山寺の近くにあった石山城に籠城して合戦したが、降伏している歴史散歩 三井寺・光浄院を復興した道阿弥の足跡を検証する.三井寺、2026年1月29日閲覧。。
天正10年（1582年）6月、織田信長を本能寺の変で自害に追いやった明智光秀だったが、その後、山崎の戦いで羽柴秀吉に敗れ、自害した。秀吉は当寺に本陣を置くと、ここで光秀の首実検を行ったという。
この後、当寺は天下人となった豊臣秀吉とも良好な関係を築いていたが、文禄4年（1595年）11月、当寺は突如として秀吉の怒りに触れ、闕所（寺領の没収、事実上の廃寺）を命じられた。当寺が何によって秀吉の怒りを買ったものかは諸説あって定かではない。この結果、本尊の弥勒菩薩像や智証大師坐像、黄不動尊などは元園城寺長吏の道澄が自ら住持を務める照高院（現・妙法院の近く。後に北白川に移転）に避難させ、僧も保護したが、ほとんどの仏像や宝物はよその寺院へ移され、金堂をはじめとする堂宇も強制的に破却、移築された。当寺の金堂は比叡山に移され、現在も延暦寺西塔釈迦堂（転法輪堂）として現存している。残ったものは新羅善神堂、三尾社本殿、護法善神堂の他は上光院などいくつかの子院のみであった。
道澄は、元光浄院の住持であり秀吉の御伽衆でもある山岡景友（以前の名は暹慶）とその弟光浄院暹実らと共に復興の請願を繰り返し行った。慶長3年（1598年）になり、秀吉は自らの死の直前になって当寺の再興をようやく許可している。これは死期を悟った秀吉が、霊験あらたかな園城寺の祟りを恐れたためともいわれている。秀吉の再興許可を受けて園城寺長吏・道澄が中心となって寺の復興事業が開始される。それに伴って、照高院に避難させていた弥勒菩薩像、智証大師坐像、黄不動尊などを園城寺闕所の際にも存続が許されて残っていた上光院に移している。
伽藍の復興も進められ、寺領4,300石も安堵された。翌慶長4年（1599年）には高台院が金堂（国宝）を寄進し再建を果たした。勧学院客殿（国宝）は慶長5年（1600年）に豊臣秀頼が施主となり、毛利輝元の寄進で建立され、光浄院客殿（国宝）は慶長6年（1601年）に山岡景友の寄進で建立されている。また、同年の3月には徳川家康によって伏見城にあった大門（旧・近江国常楽寺楼門、重要文化財）と三重塔（旧・大和国比蘇寺（現・世尊寺）三重塔、重要文化財）が寄進され、当寺に移築されている。慶長7年（1602年）には毛利輝元により周防国国清寺（現・洞春寺）の一切経蔵（重要文化財）が寄進されて移築されている。現在の園城寺の寺観は、ほぼこの頃に整えられたものである。そして慶長年間（1596年 - 1615年）末期の頃には三院で49院、五別所で25坊もの子院が並んでいた。当寺は戦国時代までに合戦・焼き討ち・火災などで23回も炎上しているが、うち14回は延暦寺の僧兵らによる焼き討ちであった。
寛永年間（1624年 - 1645年）には寺領4,619石が安堵されている。
貞享3年（1686年）5月に観音堂（西国三十三所第14番札所）が焼失するが、元禄2年（1689年）に再建されている。また、同年頃には音曲諸芸道の氏神を祀る関蝉丸神社を傘下に入れている。
『元禄五年寺社僧坊改記』には、園城寺や各子院、末社の状況やその由来が記されているが、それによると寺内には浄土宗や一向宗の寺があることが分かる。
明治維新後、1873年（明治6年）には北院の大半となる20万平方メートルが陸軍用地として軍部に接収されてしまい歩兵第9連隊司令部（現・大津商業高校）や練兵場（現・皇子山総合運動公園）とされ、多くの子院が廃寺となって新羅善神堂と法明院を残し北院は廃絶してしまった。
こういったことから1876年（明治9年）1月には制度としてあった園城寺南・北・中院が合併して一院制とされた。
1885年（明治18年）9月には日本美術の普及啓蒙に功績のあったアメリカ人アーネスト・フェノロサとウィリアム・スタージス・ビゲローが、法明院敬徳より戒を受けている。
1941年（昭和16年）4月に天台宗山門派（現・天台宗）、天台宗寺門派（現・天台寺門宗）、天台宗盛門派（現・天台真盛宗）の天台三派が合同し、新たな天台宗として発足する。しかし、太平洋戦争後の1946年（昭和21年）4月には分裂し、天台宗寺門派は宗教法人令により天台寺門宗として独立し、当寺はその総本山となった。
伽藍 thumb|200x200px|ビデオ映画 200x200px|thumb|大門（重要文化財） 200x200px|thumb|釈迦堂（重要文化財） 200x200px|thumb|三重塔（重要文化財） 中院 金堂（国宝） - 園城寺全体の、そして中院の中心となる堂宇。園城寺は文禄4年（1595年）に豊臣秀吉により闕所とされ、堂塔が破却された。金堂は織田信長の焼き討ちで壊滅した比叡山延暦寺の復興の一助として延暦寺西塔に移築され、釈迦堂（転法輪堂）とされた。現在の金堂は、園城寺再興を許可した豊臣秀吉の遺志により、高台院が慶長4年（1599年）に寄進したものである建造物 金堂.三井寺、2026年1月29日閲覧。。慶長4年（1599年）2月に着工し、翌慶長5年（1600年）3月には完成している。七間四方、入母屋造、檜皮葺の和様仏堂。堂内は外陣、内陣、後陣に区切られ、内陣の中央五間は床を外陣より一段下げて四半瓦敷きにした天台宗本堂の古式を伝えている園城寺金堂.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。建物全体は和様で統一され、木割太く、全体に低めで軒の出深く、重厚さの中に柔らかさを持つ、典型的な桃山形式の仏堂である。本尊は弥勒菩薩。用明天皇の時代に百済より渡来し、天智天皇の念持仏となり、園城寺草創の際に天武天皇が本尊として安置したと伝えられているものである。 鐘楼（重要文化財） - 慶長7年（1602年）再建。金堂の左手前にあり、近江八景の一つ「三井の晩鐘」で知られる梵鐘（滋賀県指定有形文化財）を吊る建造物 鐘楼（三井の晩鐘）.三井寺、2026年1月29日閲覧。。この梵鐘は音色の良いことで知られており、日本の音風景100選に選ばれNo.58「三井の晩鐘」として登録されている。また、平等院鐘、神護寺鐘と共に日本三名鐘に数えられている。この梵鐘は慶長7年（1602年）に長吏准三宮道澄が弁慶の引摺鐘の跡継ぎとして鋳造したもので、乳（鐘上部に付けられる突起）が合計108個あり園城寺鐘楼（三井の晩鐘）.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。、近世以降多く造られる百八煩悩に因んだ乳を持つ梵鐘として在銘最古とされている。 天狗杉（大津市指定天然記念物） - 樹齢約千年。相模坊道了が、同郷の了庵慧明が相模国に最乗寺を建立したと聞くと天狗に変化し、この杉の頂部から相模国に飛び立ったという。 閼伽井屋（あかいや、重要文化財） - 金堂の西に接して建つ小堂で、格子戸の奥にある岩組からは霊泉が湧出している。この泉は、天智天皇・天武天皇・持統天皇の三帝が産湯に用いたことから御井や三井と呼ばれ、それがもととなって当寺は御井寺、次いで三井寺と呼ばれるようになった建造物 閼伽井屋、三井の霊泉（閼伽井屋内部）.三井寺、2026年1月29日閲覧。。現在の建物は、この霊泉の履屋として慶長5年（1600年）に金堂と同じく高台院によって建立された。桧皮葺で、三間二間の向唐破風造。随所に桃山風の装飾を施した優美な建造物である。また、正面上部の蟇股には左甚五郎作の龍の彫刻があり、この龍が毎夜琵琶湖に現れて暴れていたので甚五郎が龍の目に五寸釘を打ち込んだという伝説がある。 庭園「閼伽井石庭」 - 日本最古の庭園だとされている小さな石庭。 熊野権現社 - 熊野権現を祀る。平治元年（1159年）に白河天皇の皇子・行慶大僧正によって三井修験道の鎮神として創建された。その後、三間社流造の社殿として応永5年（1398年）、文亀元年（1501年）、慶長6年（1601年）と度々建て替えられている。現在の建物は天保8年（1837年）の再建である熊野権現社.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 智証大師像 - 石像。 教待堂 - 教待和尚を祀る伝説 教待堂.三井寺、2026年1月29日閲覧。。 光浄院 - 金堂の北方に位置する子院。 客殿（国宝） - 勧学院客殿より1年あとの慶長6年（1601年）に元光浄院の住持であった山岡景友により再建される。規模、意匠など勧学院客殿と似る。桁行七間、梁間六間、一重入母屋造、正面軒唐破風付の総杮葺き建造物 光浄院客殿.三井寺、2026年1月29日閲覧。。内部の一之間、二之間の障壁画および襖絵は狩野山楽や狩野派の筆によるもので重要文化財に指定されている光浄院客殿.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。寝殿造りの流れをくむ主殿造とされる。広縁の奥には付書院、出書院と呼ばれる造り付けの机を設けた上段の間が突出しており、このような小部屋を持つ書院は光浄院客殿のみとされる。 庭園（国の名勝・史跡） - 客殿に南面して広がる池泉観賞式庭園。池が客殿の広縁の真下まで食い込み客殿と一体化した、池上建築に似た構成を取る。池中に石橋を架けた亀島や夜泊石を設け、山畔には立石を組んだ枯滝を配する光浄院庭園.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 護摩堂 - もとは十八明神社の拝殿で、ここに移築したもの。 表門 霊鐘堂 - 昭和初年に古鐘堂の古材をいかして改築されたもの霊鐘堂（弁慶鐘）.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。霊鐘「弁慶の引摺鐘」（重要文化財、奈良時代）を安置している。藤原秀郷（俵藤太）が三上山の百足退治の礼に竜宮から持ち帰った鐘を三井寺に寄進したとの伝承が残されている。その後、山門との争いで弁慶が奪い比叡山へ引き摺り上げて撞くと、「イノー・イノー」（関西弁で「帰りたい」の意）と響いたため、弁慶が怒って鐘を谷底へ投げ捨てたという。鐘に付いた傷跡や割れ目はその時のものと伝えられている伝説 弁慶の引き摺り鐘.三井寺、2026年1月29日閲覧。。文永4年（1267年）に比叡山延暦寺より当寺に戻された。また、「弁慶の汁鍋」という大鍋も置かれている。 一切経蔵（重要文化財） - 室町初期の禅宗様経堂。毛利輝元の寄進により、慶長7年（1602年）に周防国山口の国清寺（現・洞春寺）の経蔵を移築したもの。一間四方だが裳階付きのため三間四方二層に見える宝形造、桧皮葺。内部中央には、高麗版の一切経を納める八角形の輪蔵があり、中心軸で回転するようになっている。また、天井から円空仏7体が発見されている建造物 一切経蔵、八角輪蔵.三井寺、2026年1月29日閲覧。。 三重塔（重要文化財） - 鎌倉時代末期から室町時代初期の建築。奈良県の比蘇寺（現・世尊寺）にあった東塔を慶長2年（1597年）に豊臣秀吉が伏見城に移築したものを、慶長6年（1601年）に徳川家康が当寺に寄進したもの。1層目の須弥壇には、木造釈迦三尊像が安置されている。軒深く、三重の釣合いよく、相輪の水煙など、中世仏塔の特徴をよく表している建造物 三重塔.三井寺、2026年1月29日閲覧。。 善法院 - 境内最西にあった子院。かつての円満院宮の院家。 庭園跡（国の名勝・史跡） - 1934年（昭和9年）に国の名勝・史跡に指定されたが、1941年（昭和16年）の豪雨による土砂崩れで埋没した。しかし、指定は解除されていない。重森三玲が作成した実測図が残る善法院庭園.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 覚勝院 - 子院。 微妙寺 - 別所。正暦5年（994年）に現在の長等公園の山上に慶祚阿闍梨によって創建された微妙寺.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。湖国十一面観音菩薩霊場第1番札所。 本堂 - 安永5年（1776年）再建。1979年（昭和54年）に現在地に移転。 天台大師像 - 石像。 宗務本所 筒井浄妙塚 - 観音堂がある伽藍札所から平地に下ってきた階段の右脇にある。ここは治承4年（1180年）に以仁王と源頼政が平氏軍と戦った橋合戦で活躍した僧兵の筒井浄妙の坊があった場所である。筒井浄妙は祇園祭後祭の山の一つである浄妙山で知られている筒井浄妙塚.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 水観寺 - 別所。長久元年（1040年）に明尊大僧正によって創建された水観寺.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。西国薬師四十九霊場第48番札所。園城寺境内の道を挟んだ向かい側には三尾神社があり、正面に三尾神社の西門がある。 本堂（滋賀県指定有形文化財） - 明暦元年（1655年）再建。1988年（昭和63年）に現在地に移転。 弁天堂 - 本堂に接続している。1988年（昭和63年）に現在地に移転。 庫裏 護法社 - 元は金堂の東にあったが享保10年（1725年）から享保19年（1734年）にかけて現在地（かつて唐院があった場所）に移転した園城寺護法善神堂（千団子社）.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 護法善神堂（千団子社、大津市指定有形文化財） - 享保12年（1727年）再建。園城寺の守護神である護法善神（鬼子母神）像を祀る建造物 護法善神堂.三井寺、2026年1月29日閲覧。。 唐門（大津市指定有形文化財） - かってはこの前に拝殿があった。 放生池 石造橋（重要美術品、大津市指定有形文化財） - 享保10年（1725年）再建護法社（護法善神堂）石造橋.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 表門（大津市指定有形文化財） 財林坊 - 護法社の預坊。 本地堂（大津市指定有形文化財） - 享保19年（1734年）に現在地に移築。護法善神の本地仏である聖観音菩薩を祀る。 庫裡 - 享保12年（1727年）再建護法社預坊 表門及び門番所.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 客殿 - 享保12年（1727年）再建。 預坊表門（大津市指定有形文化財） - 享保12年（1727年）再建。 門番所（大津市指定有形文化財） - 享保12年（1727年）再建。 釈迦堂（食堂、重要文化財） - 本尊は清凉寺式釈迦如来。大門を入って金堂に至る道の右側にある。桁行七間、梁間四間、入母屋造、桧皮葺の簡素な構造である。天正年間（1573年 - 1593年）造営の京都御所の清涼殿を下賜されて元和7年（1621年）に移築されたものと伝えられる建造物 釈迦堂（食堂）.三井寺、2026年1月29日閲覧。。文政年間（1818年 - 1831年）に唐破風の向拝が増築されている。随所に古い手法を残す室町時代の建築で、中世の食堂の形式をよく伝えている。 弁財天社 - 八臂弁財天を祀る。天和3年（1683年）に唯覚坊周舜によって建立される。その後文久元年（1861年）に再建されて、1932年（昭和7年）に妙厳院慶純の発願により修復された弁天祠（釈迦堂）.びわ湖大津歴史百科、2026年1月29日閲覧。。 弁天池