エゾモモンガ（蝦夷小鼯鼠、蝦夷小飛鼠、学名: ）は、齧歯目（ネズミ目）リス科リス亜科モモンガ族モモンガ属に分類されるタイリクモモンガ の亜種で、日本の北海道にのみ分布する固有亜種である。
1921年（大正10年）に黒田長礼により、タイリクモモンガの亜種として記載された。
記載と分類 エゾモモンガは1921年、黒田長礼によりタイリクモモンガの1亜種 として Journal of Mammalogy 中で記載された。この際、ほかの亜種であるタイリクモモンガ やカラフトモモンガ 、別種であるニホンモモンガ との比較から、それらのどれとも異なる哺乳類とされた。
タイプ標本は折居彪二郎が1920年3月13日、北海道胆振国苫小牧町植苗（現、北海道胆振総合振興局苫小牧市植苗）で採集した雌個体である。この個体を採集した経緯は、折居がウトナイ湖岸の自宅近くにあるナラ林を歩いていたところ、地上 3 m 程度の高さにあった木の樹洞から顔を出していた獣がいたため、散弾銃で狙撃して仕留めたというものである。頭胴長163ミリメートル (mm)、尾長117 mm の個体であった。タイプ標本以外にも黒田の持つ雄5個体を含めた6個体が比較に用いられたが、いずれも折居の採集したものであった。この中で最も古い標本は1909年に釧路国で採集された2個体である。
その後、1940年には John Reeves Ellerman によって、エゾモモンガは独立種 として再分類された。1951年、Ellerman と Morrison-Scott により、エゾモモンガは再びタイリクモモンガ の亜種 として分類された。
系統関係
モモンガ属 は旧世界（アジア・ヨーロッパ）にのみ分布するグループであり、現生種ではタイリクモモンガとニホンモモンガの2種のみを含む。エゾモモンガが含まれる種タイリクモモンガ は、ユーラシア大陸北部一帯および樺太島・北海道に広く分布する種である。 では亜種として、ユーラシア大陸北部一帯に分布する基亜種 、樺太島に産する亜種カラフトモモンガ 、中国内陸部に産する亜種 、そして北海道に産するエゾモモンガの4亜種が認識される。
エゾモモンガは分子系統解析においても、大陸に分布する基亜種とは遺伝的に分化していることが示されている。シトクロムb遺伝子の塩基配列に基づいたタイリクモモンガの分子系統地理学的研究により、種タイリクモモンガには、遺伝的に分化した北海道グループ（= エゾモモンガ）、極東ロシアグループ、北部ユーラシアグループの少なくとも3系統群が認識される。種タイリクモモンガのうち、エゾモモンガは最も早く他の群から分岐したことが分かっている。その分岐年代は40–20万年前であり、中期更新世から後期更新世の間に大陸集団から隔離された固有の集団であることが示唆されている。
本州、四国、九州に分布するニホンモモンガ とは、形態的特徴（後述）および染色体構成に基づいて別種とされる。染色体構成の差異は顕著であり、メタセントリックおよびサブメタセントリックの数、サテライトおよび二次狭窄の有無、G-, C-バンドパターンおよび核小体形成部位が異なる。シトクロムb遺伝子の塩基配列における両種間の塩基置換率は約15%であり、ニホンモモンガとタイリクモモンガは250–120万年前に分岐したと考えられている。
名称 和名「蝦夷小鼯鼠」の命名者は岸田久吉である。1940年代までは猟師・から「晩鳥」（バンドリ）という俗名で呼ばれていた。「晩鳥」の名前は、開拓者たちが暗くなってから活動を開始し、鳥のように飛ぶエゾモモンガの姿から名付けたものである。
エゾモモンガの学名 について、属名 は古代ギリシア語で「翼」を意味する () に由来する前節 および、「ネズミ」を意味する () に由来する後節 の合成語であり、「翼のあるネズミ」を意味する。種小名 はラテン語で「飛ぶ」を意味する動詞 の現在分詞であり、「飛行の」を意味する。すなわち、種名 は「飛ぶ翼のあるネズミ」を意味する。また亜種小名 は採集者である折居への献名である。
アイヌ語による呼称 エゾモモンガのアイヌ語による呼称としては、北海道全域に「アッ」「アッポ」という呼称があり、また「アツ・カムイ」、もしくは「アッ・カムイ」（「アッカムイ」とも）と呼ばれた。一説によれば「アツ」は「群棲」、「カムイ」は「神」の意味であり、即ち「アツ・カムイ」とは「群棲する神」を意味する。また小児のような声で鳴くエゾモモンガを、幼子をあやし子守をする神になぞらえ「アッ・カムイ」「アッ」「アッポウ」と呼称するようになったとする説もある - 十勝の川の生き物たち 十勝の川生物図鑑 > 哺乳類 一覧リスト より「エゾモモンガ」をクリックすることでアクセス可能。。日高静内では、エゾモモンガの「フンフン・ハタフン」という鳴き声が、コタンの子守唄の中にある「ハタハ ホーホ」「ハタハ ンー」「アフワ アフ」などのフレーズの繰り返しによく似ていることにちなんで「子守唄の神」を意味する「イフンケ・カムイ」とも呼称していた。
このような伝承は北海道のいくつかの地域で確認されているが、十勝地方にはそのような伝承はなく、同地方ではアイヌ語で「フーニ」と呼ばれていた。また天塩町など天塩郡では「ハッ」と呼称されていた。
分布・生息域
分布 エゾモモンガは北海道全域に水平分布する。ただし道南では個体数が少ないとされている。札幌市内の森林公園や円山動物園付近でも分布が確認されているが、北海道島嶼部や千島列島には分布していない。2013年には帯広畜産大学教授の押田龍夫らがビザなし専門家交流の枠組みで北方領土の国後島を訪れ、エゾモモンガの生息調査のため巣箱30個を設置したが、翌2014年の調査では1匹も確認されなかった。
垂直分布域は、平野部から亜高山帯にかけてである。分布標高は海抜 0 m から海抜 2,500 m と広範囲にわたる。日本列島の本州・四国・九州に分布する日本固有種のニホンモモンガ はムササビ と巣穴などをめぐって競合するため、比較的高地に多いが、北海道にはムササビは分布しないため、エゾモモンガは低地から高地まで幅広く分布する。
なおタイリクモモンガ（エゾモモンガ）とニホンモモンガは同属の姉妹系統であるが、前者は中期更新世の終わりごろに、後者はより古い初期更新世の中盤ごろにそれぞれ起源を有し、タイリクモモンガはニホンモモンガより後から本州への渡来を試みたものの、既に本州に定着していたニホンモモンガとニッチが重複することから競争によって排除されたため、本州以南には分布していないものと考えられている。このような理由はタイリクモモンガとニホンモモンガだけでなく、それぞれ前者が日本では北海道のみ、後者が本州以南にそれぞれ分布する種であるバイカルトガリネズミ とシントウトガリネズミ 、キタリス（エゾリス） とニホンリス 、ユキウサギ（エゾユキウサギ） とニホンノウサギ といった同属の種にも該当すると考えられる。
生息環境 エゾモモンガの生息域は、常緑針葉樹林や落葉広葉樹林といった森林である。 は、エゾモモンガは針葉樹林にも生息するが、主な生息域は広葉樹林や混交林であり、植林地のような単一樹種の針葉樹林は生息に適さないと述べている。
エゾマツ・トドマツなど常緑針葉樹は冬季でも葉を落とさないため、エゾモモンガにとって常緑針葉樹林は空中の天敵から身を隠すことができるという利点がある。エゾモモンガは住処・食物・移動手段をいずれも樹木に依存しており、樹木のない場所では生息できない。そのため、無木地（＝樹木のない地帯）や高山帯には生息していない。一方である程度の面積があり、かつ巣穴にできる太さの樹木がある森林ならば生息できる。市街地の公園・緑地、学校の林、鉄道の線路沿いにある防風林（鉄道林）、住宅地近くの雑木林といった環境にも生息し、人家周辺に残存する数ヘクタールの林でも観察される場合がある。一方、市街地の中の孤立した自然に生息している例は極めて珍しいとする報道もある。例えば十勝地方では、広大な畑作地域の中に並木のような形で防風林が広がっているが、このような環境ではエゾモモンガ、特にオスは自身の生息域である林と別の林を往復するための回廊として、それぞれの林を結ぶ防風林を利用していると考えられている（後述）。また、このように林同士を繋いでいる防風林が寸断されることはエゾモモンガの個体数の減少、ひいては地域個体群の消失に直結すると考えられている（後述）。
北海道にはエゾモモンガ以外にも、同じリス科のエゾリス（キタリスの亜種）やエゾシマリス（シマリスの亜種）が分布しており、エゾモモンガの生息地には通常、エゾリスやエゾシマリスも生息している。しかし、これら3種は以下のようにそれぞれ活動時間・空間・餌や巣などの資源を使い分けているため、3種とも同じ環境でも競合することなく共存できると考えられている。また、それぞれ主に滑空・樹上性・地上性という異なる移動様式をとっており、生態的ニッチの重なりを回避していると説明される。 +北海道に分布するリス科動物の生態種名活動時間帯冬眠の有無主な活動域活動場所繁殖場所ねぐらエゾモモンガ夜行性しない常緑針葉樹林・落葉広葉樹林の双方を好むほぼ樹上樹上エゾリス昼行性常緑針葉樹林を好む主に樹上、地上でもエゾシマリスする落葉広葉樹林を好む主に地上、樹上でも地下地下・樹上
形態 体長・体重 成獣の大きさには雌雄で違いがあり、体長（頭胴長）はオスの方が長く、16–18センチメートル (cm)、メスは約15 cm である。オスとメスを区別しない場合は頭胴長 15–16 cm、ないし 130–165 mm、101–169 mm。後述の尾長も加えた頭から尾までの長さは約30 cm 程度で、人間の大人の両手の中に収まる程度の大きさである。滑空時などに飛膜を広げると葉書程度の面積になる。
体重はオスが約120グラム (g) 、オスとメスを区別していないデータでは 81–120 g、ないし 100–120 g、62–123 g、60–125 g。妊娠したメスは体重 150–160 g に達する。体重が軽いため、細い枝先でも行動することができる。
体毛
尾を含む全身が柔らかい体毛に覆われている。体毛はムササビより短く、密生している。体毛の毛先の色は1年を通して、腹面（頬から胸部・下腹部にかけて）は白色だが、それ以外の部位は白色または褐色で、毛の下部は黒色である。背面の体毛色は保護色になっており、夏毛は淡い茶褐色、冬毛は淡い灰褐色、ないし白っぽい色となる。
体毛は越冬を控えた10月から11月にかけて夏毛から冬毛に、越冬を終えた4月から5月にかけて冬毛から夏毛に、それぞれ切り替わる（後述）。
頭部 目は直径 7–9 mm と、体格に比して大きい。目が大きいのは夜行性のためで、その視力は真っ暗な夜の森林の中でも枝に接触することなく飛行できるほど高い。一方、昼間の明るい光はエゾモモンガの目にとっては強すぎるという。目の周囲の毛は黒い毛足が裸出しているため、黒色である。頬には黒い髭（最長で約7 cm）が生えている。この長い髭は、滑空時にバランスを取る必要性があるために発達したものと考えられている。
耳長は 18–22ミリメートル (mm) で、後足長は 32–35 mmないし 32–36 mm、33–35 mm。耳は海外産の他種モモンガと比べて丸みを帯びている。聴覚はよく発達している。
歯数は、切歯が上2本・下2本、犬歯はなし、前臼歯は上4本・下2本、後臼歯は上6本・下6本の合計22本（上12本・下10本）。頭蓋骨の切歯孔は長く、通常は 4.7 mm 以上になり、その後端は眼窩下孔の下端の結節前端の位置より後方に達するが、上顎頬歯列長は通常 7 mm 未満である。門歯は生涯にわたって伸び続けるため、硬い物を齧って摩耗させている。乳頭数は胸部2対・腹部1対・鼠径部1対の合計8個（4対）。メスの乳頭は普段は体毛に隠れているが、育児期には子供の成長とともに大きくなり、体毛の外に飛び出すようになる。指趾数（指の数）は前肢が4本（×2＝8本、第1指がない）・後肢が5本（×2＝10本）の合計18本。前肢・後肢とも指の付け根に肉球が発達している。四肢の指は四肢の大きさに比して長く、物を握り掴むことに適しており、枝をしっかり握って留まることができる。また手足には樹木を登るため鋭い鉤爪を持つ一方、足の平は無毛で、細い枝などを掴みやすい体つきになっている。なお北海道に分布する哺乳類にはキタキツネ・エゾタヌキ・エゾクロテン・エゾリスなど、冬期になると手足の裏面に毛が密生し、肉球も周囲から生えた毛で覆われるような種が複数確認されているが、エゾモモンガは冬期は雪上で活動することが少なく、樹上で過ごすことが多いため（後述）、手足の裏面は夏期だけでなく、冬期でも皮膚が裸出している。
飛膜・尾
エゾモモンガは滑空するための飛膜を持っている。飛膜は頬後部から前肢まで、前肢から体側に沿って後肢まで、後肢から尾の付け根まである。飛膜は白い毛で覆われているが、本来の色は薄黄色である。前肢の手首の先には、飛膜を支える硬い軟骨（長さ約4 cm）が伸びており、飛膜もこの軟骨に沿って広がっている。飛膜は普段、独特の針状骨によって折り畳まれているが、滑空の際には大きく張り出され、面積を広げる。この飛膜は滑空する際だけでなく、樹木から転落した際にも役立ち、パラシュートのように利用される。
尾長は頭胴長より短く、尾長はオス・メスともほぼ同じで約10 cm–12 cm、もしくは 90–120 mm。尾の断面は扁平で、滑空時は方向舵の役目を果たす。尾はリラックスする際には背中に背負っているが、警戒している際には体から離し、下にぶら下げるような体勢になる。尾の付け根付近には排泄器・生殖器があるが、普段は体毛に隠れており、外からはよく見えない。
別亜種・近縁種との違い シベリアやロシアに分布する基亜種タイリクモモンガ と比較すると、頭蓋骨と下顎骨の最大長がより長い一方、眼窩間幅（眼窩間最小幅）がより狭く、上顎歯と下顎歯もより短い。また樺太島に分布する亜種カラフトモモンガ と比べると体が大きく、頭蓋骨の最大長や口蓋孔が長く、頬骨はより幅広い一方、上顎歯列はより短い。また、外部形態についても体色がカラフトモモンガに比べ青白い。 +タイリクモモンガの亜種間における頭蓋骨の比較（単位は mm） 測定部位 エゾモモンガ カラフトモモンガ タイリクモモンガ 頭蓋骨最大長 29.5 27.0 36.2–36.8 基底長 30.0 28.0 - 頬骨幅 24 22 24.0–24.2 後眼窩間幅 9.0 - 9.0–9.4 眼窩間幅 7.5 7.0 8.4–9.0 （鼻骨前）吻幅 6.5 - 6.4–6.8 鼻骨長 13.0 - 12.8–13.2 長 8.0 - 8.2 口蓋長 17.0 16.2 - 口蓋孔 5.5 4.8 - 耳骨胞長 10.5 10.1 - 下顎骨 24.5 - 23.2 上顎歯列 6.5 7.2 7.2–7.4 下顎歯列 6.5 - 7.2 またエゾモモンガはニホンモモンガに比べてやや体格が小さく、以下の相違点から両種を区別できる。特に陰茎骨と乳頭数が識別形質となる。 +エゾモモンガとニホンモモンガの対照表身体部位などの特徴エゾモモンガニホンモモンガ頭胴長130–165 mm140–200 mm尾長90–120 mm95–140 mm体重60–125 g150–220 g背面の毛色 夏毛 - 淡い茶褐色 冬毛 - 淡い灰褐色、ないし白っぽい色 夏毛 - 茶褐色 冬毛 - 灰褐色腹面の毛色ともに白色乳頭数4対（8個）5対（10個）陰茎骨細長く二又になっている極めて短くて幅広く、ねじれている染色体数ともに2n = 38
生態 性質 帯広畜産大学准教授の柳川久はエゾモモンガの性質について、植物質だけでなく昆虫など動物質の餌も好み、活発で積極的な性格のアメリカモモンガと比較すると、ほぼ植物食であり、またのんびりしていておとなしい性格で、個体同士が喧嘩することもほとんどないと評している。また富士元寿彦も、エゾモモンガほど攻撃性のない動物は珍しいと評している。
活動時間 エゾモモンガは主に夜行性である。ただし春から夏にかけての繁殖期、および冬の寒さが厳しい時期には夜間だけでなく日中にも活動する。また目黒誠一は、初夏にエゾモモンガが日中にも飛行している姿を目撃したことがあり、その要因は天敵のヘビなどが巣穴に接近したためだろうと述べている。
活動開始・終了時刻は、それぞれ日没・日の出時刻の季節変化に比例して変化する。柳川ら (1991) によれば、飼育下では降雨日は晴天日に比べ、活動開始時間が遅れ、また総活動時間・総採食時間とも減少する傾向が見られた。しかし山口・柳川 (1995) によれば、野生個体は5月から10月にかけては雨天時の方が晴天・曇天の場合より活動開始時刻が早くなり、活動終了時刻から日の出までの時間についても雨天時と晴天時、曇天時いずれの場合にも有意な差は見られなかったという。活動開始・終了はほとんどが照度1ルクス以下の場合に見られることから、エゾモモンガの活動開始・終了には照度が最も大きく影響していると考えられる。
春から秋（5月から10月）にかけては、日没から平均15–20分程度で巣から出て活動を開始し、何度か巣に戻って休む。巣から出ている時間の約75％は摂食行動のために使い、最後の活動は日の出前20–25分ごろに終えることが多い。一方で11月から12月、および4月は、5月から10月にかけての時期と比べ、活動開始の時間が遅れ、逆に活動終了の時間が早まる傾向が観察されている。このように活動開始・終了時刻が変化する理由については、日周期活動が光の影響を受けずに内因リズムに支配されていることを示唆する研究があるほか、山口・柳川 (1995) はこのような事象が発生する際はいずれも平均気温が5℃以下に低下している時期であることや、同様に気温が著しく低下する地域に生息するタイリクモモンガでは同様の変化が見られる一方、比較的温暖な地域に生息するムササビでは報告されていないことを踏まえ、冬季は厳しい気温の低下によって代謝が低下し、内因リズムによる覚醒そのものが温暖な時期に比べて遅れているためであろうと考察している。また夏季には夜間も休息することなく持続的に活動する一方、冬季は長い休息を挟みながら短時間の活動を行う傾向が見られるが、これは夏季は気温が上昇し、食物も増加する一方、冬季は気温が低下し、食物も不足するため、可能な限りエネルギー消費を抑えるためであると考えられている。
フィンランドに分布するタイリクモモンガの場合、夜間時間が6時間以下になる夏季（5月から7月）にかけては日中にも活動するが、柳川久らが帯広畜産大学（北海道帯広市）構内の針葉樹林で捕獲したエゾモモンガ3頭を飼育して活動時間などを調査したところ、それらの個体はいずれも完全な夜行性で、日没後から日の出前までの時間帯に活動していたことから、帯広（北緯42度52分）はフィンランド中央部（北緯62度10分）ほど高緯度地域ではなく、夏季でも夜の長さが9時間以上あり、個体維持のために必要な食物を摂食するための時間が夜間だけで十分得られるためであろうと考察している。 200px|サムネイル|タイリクモモンガ（エゾモモンガの別亜種）の巣穴の下に落ちている糞 200px|サムネイル|タイリクモモンガの巣穴の下に積雪がある場合、このように雪面が尿で汚れていることがある。 柳川らの観察記録によれば、エゾモモンガは巣穴を出る際、まず巣穴から顔を出して周囲を警戒し、次いで巣穴から体を出すとその度にグルーミング、糞・尿の排泄を規則正しく行い、特に日没後の活動開始時に最もそれらの行動を入念に行う傾向が見られた。巣穴を出る数分前に巣穴から顔を出す行動については、外の明るさが活動を開始するのに十分な暗さになっているか否かを確認するための行動であると考えられている。排泄の際、周囲に危険を感じない場合は低い場所で、危険を感じた場合は高い場所で用を足す。糞は長さ 7–15 mm、直径 3–5 mm 程度の米粒状糞、および柔らかい米粒状糞が集着した糞、不定形な軟便と3種類に大別されるが、多くの場合は長さ約10 mm、直径約4 mm である。また糞の色は黄褐色から緑褐色、もしくは暗緑色・赤銅色と多様で、1回の排糞量は多い時で40粒ほどである。糞は食痕がある場所、巣穴がある樹木（巣木）、移動経路上の休憩場所となっている樹下によく散乱しており、同じ巣に複数個体が同居している場合は巣樹の下に2,000–3,000粒も糞が溜まっている場合がある。エゾモモンガは食巣穴近くの樹木で糞をする習性があるため、巣木の巣穴付近の樹面に止まりながら排泄することも普通である。このため、巣穴下の樹面・根元の雪面は糞尿で汚れていることがあり、また巣穴近くに木の股がある場合、そこが糞尿で汚れている場合もある。樹洞からエゾモモンガが出入りする姿を直接確認できない場合でも、巣穴と思われる樹洞がある部位で樹径が約20–25 cm ある樹木で、樹皮面がエゾモモンガの糞尿で汚れているか、樹木の根本付近に総量 50 cc 以上の多量の糞（複数回の脱糞）が散在していることが確認できれば、エゾモモンガの巣木を見つける目安になる。
活動域・活動範囲 エゾモモンガはほとんど樹上生活か、それに類する生活を送っており、滑空能力を得るために四肢の間に飛膜を発達させている。このため地上での行動は緩慢で、積極的に地上に降りることはほとんどない。このため雪面・地面で足跡を見ることはほとんどないが、地面を跳躍歩調する際にも飛膜を広げるため、揚力が働き、着地圧が軽減される。このような理由から手足の着地痕が不鮮明になりやすい一方、新雪上では雪面に飛膜痕が残ることが多い。雪上に残る飛膜痕は幅 7–15 cm、長さ 10–40 cm の長方形の擦り跡で、そのあとの中に手足跡が残っていることが多い。また爪が鋭いため、垂直の樹木・建造物などのモルタル壁の表面を垂直・上下左右へ自由に移動できる。
活動範囲は巣を中心とした領域で、その広さはオスで約2ヘクタール (ha) ・メスでは約1 ha である。メスは少なくとも繁殖期に縄張りを持ち、複数個体で互いに縄張りが重なり合うことはない。また生息している森林が防風林に隣接している場合でも、隣接する防風林を利用して林外に出るようなことはほとんどない。一方でオスは縄張りを持たず、メスより広い行動圏を持ち、オス同士の行動圏は大きく重なる。柳川 (2002) によれば、テレメトリー法で測定したメスの縄張り面積は平均1.7 ha、オスの行動圏面積は 4.8 ha で、うち道路・農耕地などエゾモモンガが利用できない領域を除いた森林だけの面積はメスが 1.1 ha、オスが 2.2 ha であった。このようにオスがメスに比べて広い行動範囲を有する理由は、自身の行動圏を広めることによってその中により多くのメスの行動圏を内包することで、多くのメスと交尾を行う機会を得るためだろうと考察されている。
エゾモモンガは基本的には単独で生活するが、1つの巣に複数の個体が同居していることも少なくない。特に冬季には複数個体で1つの巣に集まって越冬する場合がある（後述）。
巣 エゾモモンガはアカゲラの古巣である樹洞、自然にできた樹洞、人為的に樹木に架けた鳥用の巣箱、人家などの屋根裏、エゾリスの古巣など、様々なものを巣として利用する。小枝・樹皮を利用して、樹上に球状の巣を作ったり、凍結してできた樹木の割れ目を巣穴として利用したりする場合もある。浅利裕伸や柳川久が、帯広畜産大学に隣接する狭小な林地に生息するエゾモモンガの個体群の巣穴の利用状況について調査を行ったところ、1個体あたりの利用した巣の数は非積雪期（4月から11月）で4–8個、積雪期（1月から3月）で2–4個程度で、非積雪期には主に巣箱や樹洞が多く利用された一方、積雪期には樹洞や樹上巣の利用が主になり、巣箱の利用頻度は少なくなったという結果が出ている。彼らはこのような調査結果から、積雪期に巣箱の利用頻度が減り、樹洞や樹上巣の利用が増える理由については、積雪期は気温低下と食物の減少によってエゾモモンガの活動が減少し、巣内で過ごす時間が増えるため、エゾモモンガは保温性の高い特定の樹洞や、樹洞より保温性は劣るが、巣箱より高い位置にあるため日射を受けやすく、巣箱よりは温暖な樹上巣を好んで利用するのだろうと考察した上で、積雪期には低温に耐えうるような最適な巣を選び、そのような巣を長期的に利用していると指摘している。その一方で非積雪期に巣箱の利用率が積雪期より上昇し、また利用する巣の数も増加する理由については、気温の上昇によって外部寄生虫の活動が活発になるため、それを回避するために複数の巣を移動する必要があることが理由であろうと評している。またフィンランドのタイリクモモンガが1個体につき2–14個、アメリカ合衆国北西部のオオアメリカモモンガ が2–12個の巣をそれぞれ利用するという報告を踏まえ、彼らは狭量な森林に生息するエゾモモンガは巣の絶対数により、生息数が制限されている可能性を指摘している。
巣穴の出口は500円硬貨程度の直径があれば出入りできる。樹洞を巣穴として用いる場合、入口がほぼ円形ないし卵形で、直径 4–6 cm 程度の物を好むが、出入口を歯で齧って形状を改善する場合もある。巣穴の入口が広いとエゾクロテンなどの天敵に襲われる危険性が高いため、狭い巣穴を好む。小鳥用に人為的に設置された巣箱を利用する場合、口径 4 cm 程度の出入り口を特に好む。柳川は北海道の樹洞性リス類であるエゾモモンガとエゾリスの2種について、エゾモモンガはアカゲラの古巣（直径約4.5 cm）程度の樹洞でも育児に十分な体格であるため、年間を通して樹洞を繁殖用やねぐらとして利用する一方、エゾリスは基本的には樹洞に営巣するのではなく球状巣を作って繁殖用の巣やねぐらとして利用することが多いと述べた上で、その一因にはエゾリスはエゾモモンガより大型であるため、子育てをする際にはアカゲラの古巣程度の樹洞は小さすぎるという事情があるためだろうと述べている。
エゾモモンガが巣穴として使う樹洞は大別して、繁殖用の巣穴と、（接近してきた天敵から一時的に避難するための）仮の巣穴の2種類があるが、前者の目的で使用する樹洞は地上からの高さ、入口の大きさおよび方向、中の広さ、餌場および針葉樹の避難場所が近いことなど、好条件がすべて満たされたものに限られる。目黒誠一は、エゾモモンガが巣穴として利用する樹洞の条件として、出入り口が南方か西方までの間を向いている点、内部に巣穴を出る前の準備運動のために必要な縦長の空間がある点、周囲100 m以内に食物となる木があること、付近に天敵に襲われそうになった際に避難場所となる針葉樹がある点を挙げている。また普段の巣穴とは別に、天敵が接近した際などの避難用として4–5箇所の巣穴を確保しているとも述べている。一方で名嘉真（林）咲菜 (2007) は自身の観察事例として、エゾモモンガが巣穴として利用していた樹洞34個、およびそれらの樹洞が存在していた34本の樹木について、76.5％（26本）が生きた樹木であり、また76.5％（26個）の樹洞はキツツキ類のものであったこと、入口の方角は32.4％（11個）が北向き、26.5％（9個）が東向きで、南向きや西向きはそれぞれ20.6％（7個）であったと報告している。ただし樹木の生死については、調査地の樹洞はほとんどが生きた木にあったため、結果的に樹木の生死に関係なく樹洞のある樹木を利用したのだろうと考察している。実際に樹木の生死は問わず、枯れ木の樹洞をねぐらにしていたエゾモモンガもいたとする報告がある。また樹洞の方角については、8方位のうち北・西・東を除く5方位に向いており、利用された樹洞と利用されなかった樹洞との間に有意な差は見られなかったとする報告もある。
冬季に利用された樹洞については、冬季以外のみに利用された樹洞と比べて深かったという報告がある。これは冬季には集団で1つの巣穴に集まって越冬する習性がある（後述）ことから、冬季に利用する樹洞は単独で生活する時期に比べ、樹洞内部の広さが必要になるためであると考えられている。