禁教令（きんきょうれい）は、ある宗教を信仰し布教したりすることを禁ずる命令（法令）のことである。日本においては特にキリスト教を禁じていたものを指し、キリスト教禁止令（キリシタン禁制、禁令）とも呼ばれる。禁制扱いになった宗教は邪宗門と呼ばれた。
通常、単に禁教令と言った場合には、日本で慶長17年（1612年）及び翌慶長18年12月22日（1614年1月31日）に江戸幕府が出したキリスト教を禁ずる法令を指す。世界においては、ローマ帝国におけるネロやディオクレティアヌスなどの皇帝によるキリスト教禁止の勅令と、それに伴う弾圧が知られているが、一般にはキリスト教徒に対する弾圧、迫害と一括りに呼ばれ、禁教令の語を充てない（例えばディオクレティアヌスによる303年の勅令と、それに伴う弾圧は「最後の大迫害」と呼ばれる）。
本項では、江戸時代のキリスト教政策を中心に、安土桃山時代以降の日本で行われた、キリスト教への禁教令および関連する事項について説明する。 概要 狭義の意味での禁教令は、1612年（慶長17年）及び翌1613年に江戸幕府が発令したものである。広義の意味では1587年の豊臣秀吉によるバテレン追放令や明治政府による五榜の掲示が含まれる。もっとも早い禁教令は永禄8年（1565年）と同12年（1569年）に正親町天皇が出した追放令である。これは京都から宣教師を追放するという主旨であったが、織田信長によるカトリック教会の保護政策もあって、さほど効果はなかった。
これらは一口に禁教令と言っても性格は大きく異なる。正親町天皇の追放令やバテレン追放令は、その語が示すように、宣教師の追放を目的とした主に布教権の禁止であり、キリスト教自体への弾圧は主目的ではなく、キリスト教徒に対する強制改宗というような（つまり「禁教」）政策は取られなかった。
秀吉のバテレン追放令や書簡は五野井隆史『日本キリスト教史』（吉川弘文館、1990年）ISBN 978-4642072878, pp. 150-151キリスト教に対抗して、吉田神道の宇宙起源説を引用するなど、神国思想を意識的に構築しており、家康もその基本路線を踏襲している朝尾直弘『日本の近世〈第1巻〉世界史のなかの近世』（中央公論新社、1991年） pp. 108-118五野井隆史『日本キリスト教史』（吉川弘文館、1990年）ISBN 978-4642072878, pp. 203-205Handbook of Christianity in Japan / edited by Mark R. Mullins. p. cm. — (Handbook of oriental studies, Section 5, Japan ; v. 10) ISBN 90-04-13156-6 I. Japan—Church history. I. Series. pp. 251-252, "A more antagonistic dynamic between Shinto and Christianity in the late sixteenth and early seventeenth centuries is more easily identified. Early evidence is to be found, for example, in Hideyoshi's expulsion edict of 1587 and his 1591 letter to the Governor General of Goa (Gonoi 1990, 150ñ1). In both, Hideyoshi deploys Shinto symbolism to justify the expulsion from Japan of Christianity and its missionaries. Item 1 of the edict reads: Japan is the Land of the Gods. Diffusion here from the Kirishitan Country of a pernicious doctrine is most undesirable. His 1591 letter begins in the same vein. The fact is that our land is the land of the godsîóand then proceeds to an exposition of what Takagi Shÿsaku (1993) has identified as Yoshida Shinto theories of the origins of the universe. Asao Naohiro has observed that Hideyoshi was consciously constructing the idea of Japan as land of the gods as a counter and response to the idea of Europe as land of the Christian God. Ieyasu's letters to the Governor General of the Philippines in 1604 and the Governor General of Mexico in 1612 articulate the same ideas about Christianity's incompatibility with Japan as shinkoku, the land of the gods (Asao 1991, 108ñ18; Gonoi 1990, 203ñ5). More research needs to be done on this linkage between the Christian proscription and Shinto ideas, but it would not be surprising, given the nature of the nativistic dynamic, if counter-Christian concerns were somewhere present in the anxiety of both Hideyoshi and Ieyasu to have themselves deified and venerated after their deaths. "。秀吉の書簡や家康の禁教令はキリスト教を、統一された日本の宗教（儒教、神道、仏教の三教一致）の敵であると名指しで批判して、禁教令の正当性を示そうとしており、秀吉と江戸幕府の宗教政策には禁教令の観点から継続性が見られる。
今日に知られるような弾圧と呼べるものの最も早いものは、豊臣秀吉が1596年に出した禁教令で、この時は26名のキリスト教徒が処刑されている（日本二十六聖人）。ただし、この時も主にはフランシスコ会に的を絞った物で、禁教のための継続的な政策が取られたわけではなく、後を継いだ江戸幕府もそれに倣っている。
日本において、政策としてキリスト教への弾圧が始まるのは、1612年の禁教令からであり、明治初期まで続いた。
豊臣秀吉による禁教令 1587年の禁教令（バテレン追放令）
織田信長の跡を継いだ豊臣秀吉は当初は信長と同様にキリスト教容認の立場を取っていた。しかし、九州平定後の1587年7月（天正15年6月19日）にキリスト教宣教の制限を表明する。これは宣教師（バテレン）の国外退去を求めるものであったが、布教に関係しない外国人（商人）の出入りは自由なままであり、また（強制性を伴わない限りにおいて）個人でキリスト教を信仰すること自体も許されていた。大名のキリスト教への改宗についても秀吉の許可が必要だったという点を除けば可能であったが、実際には政治的圧力によって既にキリシタン大名であった黒田孝高が棄教したり、高山右近が信仰のために地位を捨てるということもあった。一方で小西行長や有馬晴信のようにキリスト教徒のままでいた者もいた。
また、退去を宣告された宣教師たちも抗議を行うなどして、南蛮貿易を重く見た秀吉は以後黙認する形を取っている。結果として、追放令以後も宣教師達は（制限付きだが）活動することはできた。むしろ、この後、関ヶ原の戦い前後まで毎年1万人余が新たに洗礼を受けていたなど、キリスト教の広がりは活発であった。
秀吉が禁教令を発令した目的には諸説あり、「外交権、貿易権を自身に集中させ国家としての統制を図るため」「九州で日本人の奴隷売買が行われていると知り、それを禁止させるため」「」などがある。ヨーロッパは日本の植民地化をもくろんでいて、キリスト教はその尖兵の役を果たし、その意図に気づいたため、秀吉はキリシタンの禁圧に乗り出した、との説明があるが、この説には無理があり、この時期に日本に盛んに来航していたポルトガル、スペインは実は国力が乏しく、日本のように抵抗力のある国を植民地化するなど、とても不可能であるという指摘がある。
これらの発令の原因とされる諸説は日本で提案されているもので、ポルトガルやイエズス会は現存しているにも関わらず、日本人による一方的な批判によって構成されている。「神社仏閣への迫害」説については、仏教徒の領主が十字架を倒す等の宗教施設の破壊行為を行いキリスト教徒に対して仏教に強制改宗するように命じたり、1563年十一月七日頃、修道院やキリシタンの農民たちの家を燃やす事件を起こす等、双方の信者間での対立関係が激化していた。神社仏閣の破壊についてはイエズス会の責任者は寺社の破壊を禁じていた。 奴隷や人身売買を原因とする説については、1537年に発令された教皇勅書スブリミス・デウスは異教徒を奴隷とする事を禁じBARTOLOMÉ DE LAS CASAS AND THE QUESTION OF EVANGELIZATION, Hartono Budi, Jurnal Teologi, Vol. 02, No. 01, Mei 2013, hlm. 49-57 "The Only Way was so convincing that even Pope Paul III was encouraged to issue a papal bull Sublimis Deus in 1537 which was adopting deliberately all principles of the The Only Way, not just for the Indians of the New World, but for all the peoples to be discovered in the future.（新世界のインディアンだけでなく、将来発見されるすべての人々のため）"The Popes and Slavery, Panzer, Joel S., Homiletic and pastoral review Year: 1996, Volume: 97, Issue: 3, Pages: 22-29 "Paul states that the Indians are "true men" who are able to accept the Faith, and in fact do so eagerly. Thus, "the same Indians and all other peoples—even though they are outside the faith" (emphasis added), are not to have their possessions taken or their lives reduced to slavery. This teaching is not to be limited to Christians or Indians only, and is to be applied to any and all peoples who may be encountered in the future.(この教えはキリスト教徒やインディアンだけに限定されるものではなく、将来遭遇する可能性のあるすべての人々に適用される)"、イエズス会は日本人を奴隷として売買することを禁止するようにポルトガルに呼びかけていたこと、ポルトガル国王セバスティアン1世は大規模になった奴隷交易がカトリック教会への改宗に悪影響を及ぼすことを懸念して1571年に日本人の奴隷交易の中止を命令したことについて秀吉が知っていたかどうかについては不明である点には留意が必要である。 バテレン追放令は日本で最初の国策としてのキリスト教への制限ではあるが、、また形式的なものであったことに注意が必要である。
追放令を命じた当の秀吉は勅令を無視し、イエズス会宣教師を通訳やポルトガル商人との貿易の仲介役として重用していたBoxer, C. R. (1951). The Christian Century in Japan: 1549–1650. University of California Press., pp. 152–53. GGKEY:BPN6N93KBJ7.。1590年、ガスパール・コエリョと対象的に秀吉の信任を得られたアレッサンドロ・ヴァリニャーノは2度目の来日を許されたが、秀吉が自らの追放令に反してロザリオとポルトガル服を着用し、聚楽第の黄金のホールでぶらついていたと記述しているThe Spanish Lake, O. H. K. Spate, 2000。
秀吉はポルトガルとの貿易関係を中断させることを恐れて勅令を施行せず、1590年代にはキリスト教を復権させるようになった。勅令のとおり宣教師を強制的に追放することができず、長崎ではイエズス会の力が継続しBoxer, C. R. The Christian Century in Japan: 1549-1650. Manchester: Carcanet Press Ltd., 1951., pp. 149-151.、豊臣秀吉は時折、宣教師を支援したBerry, Mary Elizabeth. Hideyoshi. Cambridge, MA: Harvard University Press, 1982. pp. 92-93。