奈良線（ならせん）は、京都府木津川市の木津駅から京都府京都市下京区の京都駅に至る西日本旅客鉄道（JR西日本）の鉄道路線（幹線）である。
正式な起点は木津駅、終点は京都駅であるが、運行上や市販の時刻表では京都駅から木津駅へ向かう列車を「下り」、木津駅から京都駅へ向かう列車を「上り」としている。
本項では、正式な起点・終点に合わせて、本文中の本路線の駅名の並べ方や列車の走行区間などについては、木津駅→京都駅の順とする。
概要
JR西日本のアーバンネットワークの路線の一つであり、木津駅で関西本線（大和路線）と片町線（学研都市線）に、京都駅で東海道新幹線と東海道本線（琵琶湖線・JR京都線）・山陰本線（嵯峨野線）に接続し、関西本線奈良駅方面との直通運転により、観光都市である奈良・京都間の都市間輸送を担い、京都への通勤・通学路線であると同時に奈良と京都へ向かう観光路線でもある。
線路名称としての奈良線は木津駅 - 京都駅間であり、奈良線と称しながら全区間が京都府内にあり、奈良県内にはまったく路線がない。もともと本路線は京都駅と奈良駅を結ぶ路線として奈良鉄道により開業したものの、鉄道国有化後に木津駅以南が関西本線に編入された経緯がある。なお、関西本線の奈良駅・平城山駅でも旅客案内上は京都駅発着の列車は「奈良線」と案内され、木津駅に乗り入れる列車は全列車が関西本線に乗り入れて奈良駅発着で運転される。後述のように、車両運用面では関西本線（大和路線）と結びつきが強いことや、国鉄時代は全線が天王寺鉄道管理局の管轄（厳密には京都駅構内のみ大阪鉄道管理局の管轄）ということもあり、京都駅を発着するJR線および京滋支社の路線では唯一、「南アーバン」に属している。
ラインカラーは茶色（）であり、選定理由は「日本の古都を結ぶクラシックな落ち着いたイメージ」としている。路線記号は D 。
全線にわたって近畿日本鉄道（近鉄）の京都線と競合している。全線複線の近鉄の方が従来より運転本数が多く、JRの奈良駅の位置が近鉄奈良駅に比べて奈良市の中心部からやや離れているため、近鉄が圧倒的に有利であった。対するJR西日本はかつて全線単線であった当路線の一部区間を複線化し、快速列車の増発やスピードアップを行っているほか、訪日外国人観光客向けのジャパンレールパスが近鉄では利用できない上、2023年の近鉄の運賃改定で近鉄の割安感が薄れたこともあって、利用者は若干JRに流れつつある。 また、宇治駅 - 京都駅間は京阪宇治線・京阪本線の宇治駅 - 中書島駅 - 東福寺駅間とも並行している。
なお、近鉄にも「奈良線」は存在するが、近鉄奈良線は阪奈間の路線でありJR奈良線とは全く競合しない。ただし、京都駅では他線の列車到着時にホームで「JR奈良線」というようにJRを付けて案内している。
全線が大都市近郊区間の「大阪近郊区間」およびIC乗車カード「ICOCA」エリアに、京都駅 - 城陽駅間が電車特定区間に含まれている。なお上狛駅 - 長池駅間では無人駅も混在するため簡易型自動改札機が設置されている。
路線データ 管轄（事業種別）：西日本旅客鉄道（第一種鉄道事業者） 路線距離（営業キロ）：34.7 km 軌間：1,067 mm 駅数：19（起終点駅含む） 奈良線所属駅に限定した場合、関西本線所属の木津駅、東海道本線の所属の京都駅が除外され、17駅となる。 複線区間：玉水駅 - 山城多賀駅間、城陽駅 - 京都駅間 電化区間：全線電化（直流1,500 V） 閉塞方式：自動閉塞式 保安装置：ATS-P（拠点P方式）およびATS-SW 運転指令所：大阪総合指令所 最高速度：110 km/h（複線区間）、95 km/h（単線区間） IC乗車カード対応区間： ICOCAエリア：全線（全線 PiTaPaポストペイサービス対象区間）
全区間を近畿統括本部が管轄している。
歴史
奈良鉄道によって1895年（明治28年）に伏見駅 - 京都駅間が開業し、翌1896年（明治29年）に奈良駅 - 木津駅 - 京都駅間の全線が開通したが、この区間のうち桃山駅 - 京都駅間は当初現在の近鉄京都線のルートを通っていた。東海道本線の馬場駅（現在の膳所駅） - 京都駅間が東山トンネル経由の現在線に切り替えられた1921年（大正10年）のその日に、桃山駅 - 稲荷駅間の新線と稲荷駅 - 京都駅間の旧東海道本線が奈良線となり、桃山駅 - 伏見駅間が貨物線化され、伏見駅 - 京都駅間は廃止された。のちに桃山駅（厳密には桃山駅 - 伏見駅間の現・近鉄丹波橋駅付近） - 京都駅間は近鉄京都線の前身である奈良電気鉄道に払い下げられた。
奈良電気鉄道の路線が1928年（昭和3年）に開業した後は、運行頻度や所要時間で劣るため直通需要を大きく奪われる。戦後、1950年代にいち早く旅客列車を気動車化し、また東福寺駅や城陽駅をはじめとして駅の増設が行われるなどしたが、それ以降は特に目立った投資はなされず、1984年（昭和59年）になってようやく電化が完成するといったように、完全なローカル線と化していた。国鉄時代は天王寺鉄道管理局が奈良線全線を管轄していた。
本格的な活性化策がとられるようになったのは、国鉄分割民営化に伴いJR西日本の所属路線となってからである。
JR西日本の奈良線に対する投資を報じた1991年（平成3年）の朝日新聞の記事には、投資の背景として「（前年の）即位の礼の一連の行事で関西を訪問された天皇、皇后両陛下はJR東海の東海道新幹線で京都駅に着くと、そのまま近鉄で奈良方面へ向かわれ、地元JR西日本の列車はまったく利用されなかった。こんな『屈辱感』や、関西文化学術研究都市の開発などで沿線人口が増えていることが、JR西日本の投資意欲を駆り立てているようだ」との記述が見られる。しかし、その後も皇族の奈良方面への移動には主に近鉄が利用されており、当路線の利用は実現していない。
2011年（平成23年）3月11日に発生した東北地方太平洋沖地震の影響により、電動機に使用している部品を製作しているメーカーが被災して製造の見通しが立たなかったため、使用できない車両が発生する恐れがあることから、2011年（平成23年）4月11日から当分の間、日中のみやこ路快速の運転を取り止める予定であったが、部品調達の目処が立ったのでこの措置は行われず、4月11日以降も通常のダイヤで運転された。
年表
1879年（明治12年）8月18日 官営鉄道（後の東海道本線）として京都駅 - 稲荷駅 - 大谷駅間が開業朝日新聞出版分冊百科編集部 (2009), p. 24.。稲荷駅開業。 1895年（明治28年） 9月5日：奈良鉄道により京都駅 - 伏見駅間（3 M 23 C≒5.29 km）が開業。伏見駅開業。京都駅は官営鉄道と共用。 11月3日：伏見駅 - 桃山駅間（1 M 9 C≒2.19 km）が延伸開業。桃山駅が開業。 1896年（明治29年） 1月25日：桃山駅 - 玉水駅間（12 M 46 C≒20.24 km）が延伸開業。木幡駅・宇治駅・新田駅・長池駅・玉水駅が開業。 3月13日：玉水駅 - 木津駅間（4 M 50 C≒7.44 km）が延伸開業。棚倉駅・木津駅が開業。 4月18日：木津駅 - 奈良駅間が延伸開業し、京都駅 - 奈良駅間が全通。 4月21日：東寺仮停車場が開業。 1897年（明治30年）4月1日：奈良鉄道京都駅を七条駅に改称。 1902年（明治35年） 5月3日：上狛駅が開業。 11月12日 営業距離の単位をマイル・チェーンからマイルのみに簡略化（21 M 48 C→21.6 M）。 1905年（明治38年）2月7日：奈良鉄道が路線を関西鉄道に譲渡。 1907年（明治40年）10月1日：関西鉄道が国有化。 1908年（明治41年）8月1日：七条駅を京都駅に統合。 1909年（明治42年）10月12日：国有鉄道線路名称制定。木津駅 - 京都駅間が奈良線に、木津駅 - 奈良駅間が関西本線になる。 1910年（明治43年）12月19日：宇治駅 - 木幡駅間に宇治川信号所が開設。 1913年（大正2年） 6月20日：東寺仮停車場 - 京都駅間に八条信号所が開設。 11月5日 宇治川信号所が廃止。 1914年（大正3年） 7月23日：東寺仮停車場が廃止。 8月15日：八条信号所が廃止。 1921年（大正10年） 3月20日：宇治駅 - 木幡駅間に宇治川信号所が開設。 8月1日：奈良線の伏見駅 - 京都駅間（3.3 M≒5.31 km）廃止朝日新聞出版分冊百科編集部 (2009), p. 25.。桃山駅 - 伏見駅間（1.1 M≒1.77 km）の旅客営業を廃止。東海道本線の稲荷駅 - 京都駅間（1.8 M≒2.90 km）を奈良線に編入すると共に単線化。桃山駅 - 稲荷駅間（2.6 M≒4.18 km）の新線開業。 1922年（大正11年）4月1日：宇治川信号所を宇治川信号場に変更。 1926年（大正15年） 2月13日：青谷梅林仮停車場が開業。 4月1日：宇治川信号場が廃止。 1928年（昭和3年） 9月3日：貨物支線 桃山駅 - 伏見駅間が廃止。伏見駅が廃止。 11月15日：伏見廻りの旧線の廃線跡を転用して奈良電気鉄道京都駅 - 桃山御陵前駅間が開業。 1930年（昭和5年）4月1日：営業距離の単位をマイルからメートルに変更（21.6 M→34.7 km）。 1933年（昭和8年）12月1日：青谷梅林仮停車場を山城青谷駅に変更。 1935年（昭和10年）6月29日：京都市内一帯で発生した鴨川水害で、賀茂川鉄橋が流失（『昭和ニュース事典第5巻 昭和10年-昭和11年』本編pp.206-207 昭和ニュース事典編纂委員会 毎日コミュニケーションズ刊 1994年）。しばらくの間運休となる。 1953年（昭和28年）8月15日：南山城水害により、玉水駅駅舎が流失するなどの被害を受ける。 1955年（昭和30年） 2月15日：全列車気動車に統一大阪・天王寺・福知山鉄道局史編集委員会 (2004), p. 361.。 7月15日：山城多賀駅が開業。 1957年（昭和32年）12月27日：東福寺駅が開業。 1958年（昭和33年）7月11日：城陽駅が開業。 1961年（昭和36年）4月21日：黄檗駅が開業。 1971年（昭和46年）10月1日：定期列車無煙化（蒸気機関車使用廃止）。 1972年（昭和47年）7月1日：木津川橋梁が架け替えられる天王寺鉄道管理局 (1981), pp. 116, 231.。 1975年（昭和50年）12月19日：自動信号化が完成大阪・天王寺・福知山鉄道局史編集委員会 (2004), p. 323.。 1982年（昭和57年） 3月2日：列車集中制御装置 (CTC) が導入大阪・天王寺・福知山鉄道局史編集委員会 (2004), p..。 11月15日：奈良線の荷物列車が廃止大阪・天王寺・福知山鉄道局史編集委員会 (2004), p. 380.。 1984年（昭和59年） 10月1日 奈良駅 - 木津駅 - 京都駅間が電化。105系・113系電車による運転開始。京都駅 - 桜井線・桜井駅間に直通列車を設定。急行「紀ノ川」（京都駅 - 和歌山駅、奈良線・桜井線・和歌山線経由）廃止。 1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により西日本旅客鉄道に承継。日本貨物鉄道が全線で第二種鉄道事業者になる。 1991年（平成3年） 3月14日：奈良駅 - 京都駅間で小規模自動進路制御装置 (SRC) が使用開始。 3月16日：城陽駅・黄檗駅に行き違い施設が新設。117系電車による快速が奈良駅 - 京都駅間で運転開始。新設当初の途中停車駅は木津駅・宇治駅のみで、これに加え正月には稲荷駅に臨時停車していた。 1992年（平成4年）10月22日：六地蔵駅が開業。城陽駅が快速の停車駅になる。 1994年（平成6年） 3月：113系の運用が終了。 9月4日：105系の運用が終了。桜井線との直通列車を廃止。 1997年（平成9年）3月8日：JR藤森駅が開業。 1998年（平成10年）1月22日：第1期複線化工事に着手。 1999年（平成11年）5月10日：六地蔵駅が快速の停車駅になる。 2001年（平成13年） 3月3日：新田駅 - 宇治駅間、JR藤森駅 - 京都駅間が複線化。JR小倉駅が開業。区間快速と221系によるみやこ路快速の運転を開始。117系の運用が終了。 10月1日 東福寺駅が快速・区間快速の停車駅になる。 2003年（平成15年）3月15日：東福寺駅と玉水駅がみやこ路快速の停車駅、玉水駅が快速の停車駅になる。 2004年（平成16年）4月1日：日本貨物鉄道の第二種鉄道事業が廃止。 2008年（平成20年） 4月23日：木津駅 - 山城青谷駅間でATS-P（拠点P方式）導入。 4月27日：山城青谷駅 - 黄檗駅間でATS-P（拠点P方式）導入。 4月30日：黄檗駅 - 京都駅間でATS-P（拠点P方式）導入。 2009年（平成21年）7月1日：全駅でホーム上の喫煙コーナーを廃止して全面禁煙化。 2010年（平成22年）12月1日：組織改正により、大阪支社および京都支社の管轄から近畿統括本部の管轄に変更。 2015年（平成27年）3月14日：路線記号が本格導入開始。 2016年（平成28年）7月26日：第2期複線化工事に着手。 2018年（平成30年）3月17日：各駅に駅ナンバリングが導入され、使用を開始する。205系が営業運転を開始する。 2020年（令和 2年） 3月14日：ダイヤ改正により、土休日のみやこ路快速全列車を6両編成に統一。 12月6日：玉水駅 - 山城多賀駅間が複線化。 2022年（令和4年） 2月27日：城陽駅 - 新田駅間が複線化。 3月11日：103系の定期運用が終了。 5月22日：黄檗駅 - 六地蔵駅間が複線化。 12月18日：宇治駅 - 黄檗駅間が複線化。 2023年（令和5年）2月26日：六地蔵駅 - JR藤森駅間が複線化。これにより第2期複線化工事が完了。 2024年（令和6年）10月7日：平日朝時間帯の京都行き快速1本・区間快速2本に有料座席「快速 うれしート」を設定 - 西日本旅客鉄道（2024年8月22日）快速 うれしート（有料座席サービス） - 西日本旅客鉄道（2024年10月8日閲覧）。 2025年（令和7年） 3月15日：「快速 うれしート」の設定列車を、平日・土休日問わずみやこ路快速・快速・区間快速全列車に拡大 - 西日本旅客鉄道（2024年12月13日） - 西日本旅客鉄道近畿統括本部（2024年12月13日）。 4月1日：京都駅 - 城陽駅間が電車特定区間となる。 4月19日：臨時特急「いにしへ」初運行 - 西日本旅客鉄道（2025年1月17日）。 6月7日：ツアー列車として「WEST EXPRESS 銀河」が初乗り入れ。 11月12日：観光列車「はなあかり」が実証実験として京都駅 - 関西本線関駅間で運行。奈良線に初乗り入れ。 2026年（令和8年）3月14日：みやこ路快速の停車駅に新田駅・JR小倉駅・稲荷駅、区間快速の停車駅に稲荷駅を追加。快速が廃止。臨時特急「いにしへ」を一部の土休日に設定。
沿線概況
説明の都合上、この節では下り方向（京都駅から木津駅の方向）に説明する。
京都駅では、奈良線の列車は東海道新幹線に隣接した8 - 10番のりばから発車する。東海道本線（琵琶湖線）とわずかに並走し、南進するためにカーブを進みながら東海道新幹線をくぐり、鴨川・琵琶湖疏水に架かるトラス橋梁を渡ると京阪電気鉄道（京阪）との共同使用駅である東福寺駅である。その先の稲荷駅は伏見稲荷大社の最寄り駅で、国鉄最古のランプ小屋（準鉄道記念物）が現存している。
稲荷駅を出て左にカーブすると直線が続き、その先で右にカーブするが、かつてはこの付近からまっすぐ東海道本線旧線が続いていた。名神高速道路をくぐると掘割駅のJR藤森駅を過ぎ、伏見桃山陵への参拝客で賑わいを見せた桃山駅に着く。同駅には、自動信号化1万 km達成の記念標識がホームに置かれている天王寺鉄道管理局 (1981), pp. 54 - 55.。ここからは進路を一度東に変え、桃山丘陵の南縁をたどるように時折眼下に宇治川、旧巨椋池を望みながら、やがて右にカーブし、山科川を渡って京都市から宇治市に入り、京都市営地下鉄東西線との接続駅である六地蔵駅に至る。
木幡駅・黄檗駅と続き、京阪宇治線と並走するが、ほどなくして別れて京滋バイパスを越え、京阪宇治駅が右手に見えると宇治川を渡り、宇治駅に到着する。宇治駅では改良工事により、上下共に緩急接続ができるようになり、一部は京都方面から折り返し運転もしている。
宇治駅からは、奈良線で最も新しい駅であるJR小倉駅、続いて新田駅と続く。その後、城陽市に入ると京都府南部最大の古墳である久津川車塚古墳を縦断し、城陽駅に着く。城陽駅には折り返し運転のための引き上げ線がある。ここからは単線となり、田園地帯が開ける。長池駅周辺は、京都へ五里、奈良へ五里の奈良街道の中間地点で、宿場町として栄えていた地域である。長池駅以南は丘陵部から木津川の河谷にできた低地を横断して木津川に流れ込むため天井川が多く、奈良線でも6つの天井川と交差する。このうち、山城青谷駅 - 山城多賀駅間の青谷川と、玉水駅－棚倉駅間の不動川は短い単線トンネルをくぐって交差しており、形状は通常の山岳トンネルと同様である。山城青谷駅は京都府内でも一番を誇る青谷梅林の最寄り駅で、奈良線では最も利用の少ない山城多賀駅と続き、ここから1駅間だけ再度複線区間となって、快速停車駅である玉水駅に到着する。玉水駅のホームには、1953年8月15日に発生した南山城水害で駅の南東約500 m先の玉川から押し流された岩石と記念碑が水難記念としてホームに置かれている。
玉水駅を発車すると、桜の名所で平成の名水百選に選定された玉川の天井川をくぐり棚倉駅を通過し、椿井大塚山古墳の中を抜けて上狛駅と続き、木津川を渡ると片町線（学研都市線）・関西本線（大和路線）との分岐駅である木津駅に到着する。同駅に発着する奈良線の列車はすべて関西本線（大和路線）の奈良駅まで直通運転を行っている。
運行形態
沿線にある京都市の伏見稲荷大社、宇治市の平等院などへの観光や、城陽市など京都府南部地域からの通勤・通学路線としての性格が強くなっている。しかし新田駅 - 桃山駅間は東側に大きく迂回する線形であり（これは奈良鉄道敷設当時、この一帯にあった巨椋池の周囲を迂回したためである）、また城陽以南は町の中心部から外れた場所を走っており、JR西日本発足後に一部区間の複線化や快速の増発などの輸送改善が図られているものの、並行する近鉄京都線とは京奈間・地域輸送ともにまだ格差がある。
定期列車 みやこ路快速・区間快速・普通の3種別の列車が運転されている。
朝には大和路線のJR難波駅からの直通列車があり、2022年（令和4年）3月12日改正時点で平日にのみJR難波駅 - 奈良駅間を普通、奈良駅 - 京都駅間を区間快速および快速で運転する列車が2本設定されている。この列車はJR難波駅の時点で京都行きとして案内される。逆のパターンである京都駅から奈良駅を経由してJR難波駅に直通する列車は年末年始の終夜運転時やダイヤ乱れ時を除きない。
このほかにも運用上の都合で朝や夕方以降に、大和路線王寺方面と直通する列車がある。前述の早朝にJR難波駅から直通する列車のみ、JR難波・王寺方面からの直通列車として時刻表に掲載されている（2004年（平成16年）3月13日改正前の時刻表には掲載されていなかった）。 +日中1時間あたりの運転本数（2021年10月2日現在）種別＼駅名………みやこ路快速2本大和路快速←加茂1本普通2本2本
みやこ路快速
2001年（平成13年）3月3日から設定された最速達の種別で、奈良駅 - 京都駅間で日中を中心に運転されている。全区間で快速運転を行う。停車駅は奈良駅・木津駅・玉水駅・城陽駅・新田駅・JR小倉駅・宇治駅・六地蔵駅・稲荷駅・東福寺駅・京都駅である。関西本線への直通区間のうち大和路線の快速が停車する平城山駅には停車しない。
この種別は近鉄京都線の急行のライバル的存在となっている。みやこ路快速の種別名は運転開始前に一般公募により決定した。2,548通の応募があり、このうち「古都」「古都路」などが使われたものは520通で1位、「みやこ」が使われたものも386通で2位であったが、76通であった「みやこ路快速」が採用された「記者から10日 JR奈良線に登場の『みやこ路快速』愛称に思う」『読売新聞』2001年1月10日。この名称は当時物議を醸した。
基本的に1時間に2本（30分間隔）の運転で、宇治駅で普通電車と相互接続を行っている。また、京都行きは、土休日ダイヤの1本をのぞいて、城陽駅でも普通電車と接続している。観光地である京都と奈良を結ぶ列車として、日本人だけでなく国外からの観光客の利用も多い。また、京都市から宇治市・城陽市などへの通勤通学列車・近郊列車としての役割も担う。複線化完了までのダイヤでは、下りと上りが単線区間で行き違うための運転停車があったため下りと上りとで所要時間に若干差があったが、2023年（令和5年）3月18日のダイヤ改正で単線区間での行き違い待ちを解消したため、京都駅 - 奈良駅間の標準所要時間は上下とも約44分になった。
かつては土休日の朝に大和路線・JR難波発の快速で、奈良から「みやこ路快速」となる京都行き列車が2本（2021年（令和3年）時点では1本のみ）運行されていたが、これは2022年のダイヤ改正で廃止になった。
車両は全列車221系で、平日日中と土休日の全列車が6両編成で運転されている。運転開始当初は全て4両編成であった。なお、ダイヤ乱れ時は205系で運転される場合もある。
正月三が日と1月4日や多客時には伏見稲荷大社への参詣客のため稲荷駅に臨時停車する。奈良歴史キャンペーンに伴い、2003年（平成15年）および2004年（平成16年）の9月 - 11月の土休日ダイヤでは、「みやこ路レジャー号」として京都駅 - 桜井駅間（京都駅 - 奈良駅間は定期のみやこ路快速）で運転されていた。
2025年（令和7年）3月15日より、平日・土休日問わず全列車に有料座席「快速 うれしート」が設定された。
2026年（令和8年）3月14日のダイヤ改正で「快速」を統合、停車駅に新田駅・JR小倉駅・稲荷駅（通年停車化）が追加された。
区間快速
奈良駅 - 宇治駅間は各駅に停車し、宇治駅 - 京都駅間でのみ快速運転を行う。朝夕を中心にすべて221系の4両または6両で運転されているが、かつては103系での運用もあった。当初は平日ダイヤのみだったが、2006年（平成18年）3月18日のダイヤ改正から土休日ダイヤにも運転されるようになった。基本的に途中駅で普通を追い抜くことはないが、京都行きの上りは全列車宇治駅で普通電車と接続する。 平日朝の京都行きの上り2本は大和路線・JR難波発で運転され、JR難波駅 - 宇治駅間で各駅に停車する（奈良駅で種別変更）。
奈良線の区間快速は大和路線の区間快速との誤乗防止を図るため、ラインカラーが入った種別幕が使用されている。種別幕の「区間快速」の文字色についても大和路線の緑色とは異なり橙色となっている。2008年（平成20年）3月15日から10月17日までの期間は、221系用に新調された種別幕では奈良線区間快速用の表示が用意されておらず、大和路線同様の緑ラインカラー・緑文字の区間快速表示で運行されていた。
2024年（令和6年）10月7日より、平日朝時間帯の京都行き列車2本に有料座席「快速 うれしート」が設定された。2025年（令和7年）3月15日より、平日・土休日問わず全列車に設定された。
2026年（令和8年）3月14日のダイヤ改正で、停車駅に稲荷駅（通年停車化）が追加された。
普通
全区間で各駅に停車し、基本的に奈良駅・城陽駅 - 京都駅間で運転されている。日中時間帯は1時間に4本（城陽駅 - 奈良駅間は2本）が運転されている。朝夕ラッシュ時には、京都駅 - 宇治駅間の列車も運転されている。過去には桜井線との直通列車もあり、1992年（平成4年）頃には土曜・休日を中心に桜井線への直通列車が定期快速を延長する形で天理駅まで1時間に1本運転されていたが、1994年（平成6年）9月4日のダイヤ改正で奈良線と桜井線は系統分割された。
車両は基本的に205系の4両編成・221系の4両または6両編成で運転される。2011年（平成23年）3月12日のダイヤ改正で平日の221系による運用が大幅に増えた。103系の廃車進行に伴い行われた2016年（平成28年）10月の運用変更で、平日・土休日とも全体の約3分の1が221系で運用されている。
基本的に、奈良駅 - 京都駅間直通列車は上下とも宇治駅でみやこ路快速もしくは区間快速の接続待ちを行い、宇治駅からは京都行きは稲荷駅まで、奈良行きは上狛駅まで先着し宇治駅以北の各駅から平城山駅へは木津駅までみやこ路快速を利用し、木津駅で加茂駅始発の大和路快速に乗り換えた方が早く着く(例外あり)。、城陽駅 - 京都駅間の区間列車は全区間で先着するダイヤになっているが、朝晩には奈良駅 - 京都駅間直通列車でも全区間先着する列車がある。また城陽始発の上り1本は宇治駅で後発の区間快速の接続待ちを行う。
車内自動放送 2018年（平成30年）から奈良線・嵯峨野線の普通・快速列車にてタブレット端末による多言語車内自動放送が行われている。
その他 6両編成の221系には女性専用車の表示があるが、奈良線では終日設定されていない。
臨時列車・ダイヤ 特急 臨時列車として特急列車が運転されたことがある。1987年（昭和62年）9月から1988年（昭和63年）3月にかけて「ふれ愛紀州路」、1988年（昭和63年）4月から1989年（平成元年）3月まで「しらはま」の愛称で381系電車を用いて京都駅 - 白浜駅間に関西本線・阪和貨物線（現在は廃止）・阪和線・紀勢本線経由で運転された。いずれも、京都発が土曜、白浜発が日曜運転であった。
1998年（平成10年）1月6日には、奈良線の一部区間が複線化される2001年（平成13年）を目処に、定期列車として特急が運転されると報じられたこともあり、485系または381系を短編成に改造した3両編成で、日中に1時間1本設定され、途中の宇治駅のみに停車するか、ノンストップかにするかは検討中としていたが、この計画は中止され、その後特急列車の運転は行われていなかった。
特急「いにしへ」
2025年（令和7年）4月19日・4月20日・5月17日・5月18日・10月25日・10月26日・11月1日・11月2日に、特急「いにしへ」が京都駅 - 奈良駅間で臨時列車として1往復が運行された。2026年（令和8年）3月14日のダイヤ改正以降は、一部の土休日に「61号・62号」（予定臨に格上げ）として運行される。
車両は2025年（令和7年）4月・5月運行分は「くろしお」などで使用されている289系3両編成が使用され、2025年（令和7年）10月以降は「まほろば」に使用されている683系6000番台「安寧」「悠久」編成に変更された。
単線区間の行き違いなどでダイヤの制約が多いため、全区間の所要時間は快速列車より長い。
宇治川花火大会
2013年（平成25年）までは毎年8月中旬に宇治駅周辺で宇治川花火大会が行われていたが、この際には通常ダイヤでは輸送力が確保できないため夕方以降最終まで全列車普通の特別ダイヤで運転され、宇治駅 - 京都駅間は上下ともに約10分間隔で運転され、通常ダイヤでは設定されていない木津駅発着の列車も設定されていた。2013年（平成25年）夏における輸送では、奈良支所の6両編成の103系を運行に加え、日根野支所・森ノ宮支所からも編成を借り入れて多客輸送に使用した。
大晦日臨時列車